本課程是3學分課程, 共上16週(去掉期中末考所佔時間), 以下是本學期的上課時程與預定進度, 請各位留意:
第01週: 02/22 準備週
第02週: 02/29 課程邏輯
第03週: 03/07 The history of natural history
第04週: 03/14 The beginning and the need of taxonomy
第05週: 03/21 Principles of systematics
第06週: 03/28 What is a species?
第07週: 04/04 Phylogenetic reconstruction: morphological characters
第08週: 04/11 Phylogenetic reconstruction: molecular characters
第09週: 04/18 Phylogenetic reconstruction: tree building
第10週: 04/25 Phylogenetic reconstruction: comparing hypotheses
第11週: 05/02 Applied phylogenetics: evolutionary ecology
第12週: 05/09 Applied phylogenetics: biogeography
第13週: 05/16 Applied phylogenetics: other field
第14週: 05/23 Biodiversity informatics
第15週: 05/30 Biodiversity informatics
第16週: 06/06 報告研討
第17週: 06/13 期末報告
第18週: 06/20 停課
2012年2月5日 星期日
有關本學期的課程設計與教材
首先我說明一下為什麼這門課叫Systematic Biology. Systematic Biology這個學門包含與涉及了以下領域:- 分類學(Taxonomy),
- 系統分類學(Systematics),
- 形態學(Morphology),
- 古生物學(Paleontology),
- 親緣關係學(Phylogenetics, 或稱系統發生學),
- 分子演化(Molecular Evolution),
- 族群遺傳(Population Genetics),
- 演化生態學(Evolutionary Ecology),
- 生物地理學(Biogeography),
- 演化基因體學(Evolutionary Genomics),
- 演化發育學(Evo-Devo),
- 演化運算學(Evolutionary Computation), 與
- 生物多樣性資訊學(Biodiversity Informatics)
- 人類對發掘與探索新生物與生命現象的歷程
- 為什麼要對地球上的生命進行分類?
- 如何定義一個物種?
- 為什麼需要推測生物類群間的演化關係?
- 我們需要什麼樣的資訊才能進行這樣的推測?
- 我們可以使用生物的親緣關係進行什麼進一步的研究與應用?
- 這些知識對於普羅大眾, 教育工作, 解說教育, 科學研究有什麼樣的重要性?
2011年2月16日 星期三
到底有幾個生物種概念(species concept)?
文獻來源 John S. Wilkins, 2011. Philosophically speaking, how many species concepts are there?
文章簡介:
Dr. Wilkins統計從生物種概念的形成到2009年為止，至少有26個生物種概念被發表過，而Dr. Wilkins自己也提出一個新的生物種概念--多面相生物種概念(polyphasic concept): 指在型態、生態、基因、生理等各方面都近似的生物稱為一個種，可以說是集所有生物種概念的大成。但 Dr. Wilkins認為現今所謂的生物種概念，都並未直接定義什麼是一個物種，而比較像是教人怎麼辨識一個種。以最基礎的七大物種觀來說(分別為agamospecies、biopsecies、ecospecies、evolutionary species、genetic species、morphospecies以及taxonomic species)，如: genetic species 就是所謂的物種會基因交換共同分享一樣基因庫(換句話說就是會行生殖行為); evolutionary species也是偏向說物種在演化過程發生什麼事，或者物種是怎麼形成(如生態適應、生殖隔離)。而agamospecies是指無性生殖的物種，因為傳統生物種概念(指biospecies)定義上對於無性生殖的物種(比如微生物)無法認定什麼叫做一個種，於是用"生態棲位適應(ecological niche adaptation)"概念，用來界定這些無性生殖的生物什麼叫做一個種。而最早引起廣泛討論的biospecies是基於生殖隔離來界定什麼叫做一個種，所以有關"生殖"的一切，包括生理上(小到基因的融合大到生理的構造)或是行為上(求偶的行為)都變得很重要，這一切都為了確保，生物可已與自己的同種交配繁衍後代。Dr. Wilkins為這種與"性"息息相關的概念稱作"生殖範圍(Reproductive reach)"，換言之，就是當兩個生物在各方面都有相關時，他們便有可能成為彼此的配偶。
Dr. Wilkins更從物種(species)的字根來探討，在拉丁文中species代表著form或者是appearance，而在1686年時John Ray才明確的定義species是指"子代長得像雙親(progeny resemble their parent)"，現代科生物學家所提出的生物種概念，都可以說是這個概念的延伸，所以技術上來說真正的生物種概念就只有一個，當然也有人質疑根本沒有所謂的物種，所以現今從零到有這麼多的生物種概念該怎麼辦? Dr Wilkins認為最好的解決的辦法就是--生物種概念指有一個，但是有兩個解釋什麼叫做一個真正的物種[分別為生態適應(ecological adaptation) 以及生殖範圍(reproductive reach)]，還有七個截然不同的定義種的方式，27個以上的混合變化。當有N個生物學家就會有N+1個物種的定義。
2010年4月26日 星期一
三個課程檔案下載
一個是Discovery of Biodiversity, 一個是Phylogenetic reconstruction, 另一個是Species concept與Speciation的部份, 有7天的可下載時間....
2010年4月19日 星期一
[書介] 改觀的支序學、分類與演化 Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution
[書名] Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution[作者] NR Scott-Ram
[出版年代] Hardcover | 1990 || Softcover | 2008 (再版) |
[出版單位] Columbia University Press
[規格]238 pages, 29 figures.
[ISBN] ISBN-13: 9780521055130 (Softcover), ISBN-10: 0521340861 (Hardcover)
[原文書介網頁] 線上預覽
[內容介紹]
本書檢驗分類及演化理論之間的關係，與不同分類學派之間思想的競爭。作者將重心置於這些意圖推翻所有在分類上的演化思想並對一般所知的演化產生懷疑的學派—轉型中的支序學派上。
作者從哲學角度和方法論的層面去探討這些思想的限制，而不是生物學的觀點。他認為轉型中的支序學派並為達到其主張，且若非毫不懷疑地假設了一個柏拉圖的世界觀，就是晦澀難懂的未曾考慮演化上的過程—也即是其正反對的過程。作者試圖透過這些分析去對客觀而始終如一的自然提出公式化的規則，以用來評斷方法論之間的競爭與那些並未有特定理論上立足點作為依靠的理論。科學界的哲學家—對分類學感興趣的動物學者，以及演化生物學者將發現這是生物學思想領域中已得到許多關注的、令人信服的研究。
全書分為以下部份：
Preface;
Introduction;
Part I. Issues Pertaining to the Philosophy of Science:
1. Theoretical and descriptive attitudes in taxonomy;
Part II. The Status of Theoretical Classifications:
2. Evolutionary systematics and theoretical information;
3. Phylogenetic cladistics and theoretical information;
Part III. The Status of Descriptive Classifications:
4. Phenetics and the descriptive attitude;
5. Transformed cladistics and the methodological turn;
6. Transformed cladistics and evolution;
Notes;
Bibliography;
Author index;
Subject index.
2010年2月26日 星期五
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