首先我說明一下為什麼這門課叫Systematic Biology. Systematic Biology這個學門包含與涉及了以下領域:
- 分類學(Taxonomy),
- 系統分類學(Systematics),
- 形態學(Morphology),
- 古生物學(Paleontology),
- 親緣關係學(Phylogenetics, 或稱系統發生學),
- 分子演化(Molecular Evolution),
- 族群遺傳(Population Genetics),
- 演化生態學(Evolutionary Ecology),
- 生物地理學(Biogeography),
- 演化基因體學(Evolutionary Genomics),
- 演化發育學(Evo-Devo),
- 演化運算學(Evolutionary Computation), 與
- 生物多樣性資訊學(Biodiversity Informatics)
以上這些領域在Systematic Biology中扮演不同的角色, 有些是主體, 有些是工具, 而每一個領域亦有各自的議題發展與方法論. 在Wikipedia上可能沒有Systematic Biology這個詞條的詳解, 我參考美國系統生物學會(Society of Systematic Biologists)及其與Oxford University Press合作發行的重量級期刊Systematic Biology的說明: systematic biology includes the theory, principles, and methods of systematics as well as phylogeny, evolution, morphology, biogeography, paleontology, genetics, and the classification of all living things. 所以呢, 這個課程就會包含幾個大部份:
- 人類對發掘與探索新生物與生命現象的歷程
- 為什麼要對地球上的生命進行分類?
- 如何定義一個物種?
- 為什麼需要推測生物類群間的演化關係?
- 我們需要什麼樣的資訊才能進行這樣的推測?
- 我們可以使用生物的親緣關係進行什麼進一步的研究與應用?
- 這些知識對於普羅大眾, 教育工作, 解說教育, 科學研究有什麼樣的重要性?
但是呢, 這個課程的課程目標沒有非常遠大, 也沒有那麼複雜, 如果把Campbell普通生物學唸好的同學就會發現, 這不就是普通生物學的Evolution, Population Genetics與Orgnism Diversity的範疇嗎? 是的. 我們打算從普通生物學的架構深入這些議題, 也希望修課的同學能夠理解, 探索, 並發掘學習生態與演化科學的樂趣. 這門課沒有單一的課本, 所以修這門課的同學就要學著跟著課程議題主動地閱讀文獻, 而不能被動的讓老師餵講義給你吃. 我的課一定沒有講義, 這也不是必修課, 所以想湊學分的人千萬不要來修以免感到痛苦在地上打滾. 有一些中文的入門書(不是課本喔), 在此建議同學翻閱(有一種東西叫圖書館, 然後我也很討厭動不動就說"人家找不到"的學生), 我很可能會在上課的第一節就與同學討論這幾本書, 在我的課上, 經常與我討論的就是好學生, 完全不討論也被動的就是不應該來修的學生. 所以想修的同學請一定要花時間準備.
[書名] Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution
[作者] NR Scott-Ram
[出版年代] Hardcover | 1990 || Softcover | 2008 (再版) |
[出版單位] Columbia University Press
[規格]238 pages, 29 figures.
[ISBN] ISBN-13: 9780521055130 (Softcover), ISBN-10: 0521340861 (Hardcover)
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[內容介紹]
本書檢驗分類及演化理論之間的關係，與不同分類學派之間思想的競爭。作者將重心置於這些意圖推翻所有在分類上的演化思想並對一般所知的演化產生懷疑的學派—轉型中的支序學派上。
作者從哲學角度和方法論的層面去探討這些思想的限制，而不是生物學的觀點。他認為轉型中的支序學派並為達到其主張，且若非毫不懷疑地假設了一個柏拉圖的世界觀，就是晦澀難懂的未曾考慮演化上的過程—也即是其正反對的過程。作者試圖透過這些分析去對客觀而始終如一的自然提出公式化的規則，以用來評斷方法論之間的競爭與那些並未有特定理論上立足點作為依靠的理論。科學界的哲學家—對分類學感興趣的動物學者，以及演化生物學者將發現這是生物學思想領域中已得到許多關注的、令人信服的研究。
全書分為以下部份：
Preface;
Introduction;
Part I. Issues Pertaining to the Philosophy of Science:
1. Theoretical and descriptive attitudes in taxonomy;
Part II. The Status of Theoretical Classifications:
2. Evolutionary systematics and theoretical information;
3. Phylogenetic cladistics and theoretical information;
Part III. The Status of Descriptive Classifications:
4. Phenetics and the descriptive attitude;
5. Transformed cladistics and the methodological turn;
6. Transformed cladistics and evolution;
Notes;
Bibliography;
Author index;
Subject index.
ISBN 978-957-8596-25-2- 書名 支序學派大全
- 作者著者／E.O. 懷利、 D.R. 布魯克、 D. 西戈爾、 V.A. 芬克 等
- 合譯／陳星玉、陳小平
- 審定／邵廣昭
- 出版 1995.12.
- 頁數 215 頁 14.8cm x 21cm 平裝
- 價格 NT$350
- 書介 作者著《PHYLOGENETICS》自 1981 年出版以來，受到《NATURE》及《SCIENCE》期刊的推崇，認為該書是世界支序分類學《CLADISTICS》的標準教科書之一。本書是系統發育系統學 ( 分支分類學 ) 領域重要著作。著者不但整理了有關支序學派的基礎理論與實作方法。同時提供大量的範例與練習，使讀者可以無師自通。本書適合系統分類學 (包活動物、植物、微生物) 與探討演化有關的生物科學研究人員、大專院校師生及博物館專業人士參考。漢文版並有英漢術語對照。
- 評語 這本書被台灣很多開授系統分類學的老師採用, 但我實在要說的是, 這本書的中文翻譯得很不好, 非常不通順, 看了會頭痛+眼睛痛, 但有一些基本概念是可以看一看, 不過我個人的建議是一定要輔以網路上的資訊以及這本原文課本Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis閱讀才能正確瞭解.
[書名] The New Taxonomy Series: Systematics Association Special Volumes
[作者] Editor(s): Quentin D. Wheeler, Arizona State University, Tempe, USA Series Editor(s): Alan Warren
[出版年代] 2008 [出版單位] CRC Press, New York.
[規格] xi + 237 pp.
[ISBN] 978-0-8493-9088-3
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[內容介紹]
分類學的新樣貌
分類學是所有生物科學的基礎，並長期作為鞏固重建巨大生命樹或盡可能搶救最多生物多樣性的基礎。直至目前為止，我們仍無法回答出地球上究竟有多少種生物。本書描述了該理論的彙總、網路基本建設與國際團隊合作如何遭遇空前的挑戰並開創一個嶄新的領域-"網路分類學"。
分類學遇到生物多樣性危機之挑戰
這是有關描述性的分類學之未來的深度討論，本書檢查了數個國際團體努力的成果並編目了世界上的生物多樣性始之易於認識。本書標示出分類學面對生物多樣性空前 危機之挑戰時，是位在一個向上弧線的開端。當代的分類學者重申分類學為一門獨立科學的獨特任務、目標與重要性，他們囊括了諸如ＤＮＡ證據與應用、電腦輔助 物種鑑定、數位形態學與 E-typification。本書提供了如何有效組織分類學資訊的洞見，並討論從快速成長的分類學知識中能產生什麼樣的好處。
未來的視野與挑戰
從 1985年 E.O. Wilson指出我們對地球上的物種所知甚少以來，情況並未改變太多。本書提供關於全面改變的視野與挑戰。本書針對形態學和描述性分類學指出他們對於科學 和社會有著驚人的重要性，並架構出面對生物多樣性危機的建設性回應。同時也是一個對分類學和博物館社群提出共同行動、組織、計畫、創新與共同開始分類學漫 長歷史中最有野心的時期的呼籲。
[相關書評] Systematic Biology 2008 57(4):660-663; doi:10.1080/10635150802303508
[書名] Species Concepts and Phylogenetic Theory: A Debate
[作者] Quentin D. Wheeler and Rudolf Meier (eds.)
[出版年代] 2000
[出版單位] Columbia University Press, New York, New York.
[規格] 9.8 x 6.9 x 0.6 inches. 230 p.
[ISBN] ISBN 0-231-10142-2 (cloth), 0-231-10143-0 (paperback)
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[內容介紹]
自從Hennig在1966年發表了Phylogenetic Systematics之後，親緣關係研究便以前所未有的速度改變了系統學者與分類學者的研究工作，無論是在假說或分類上的品質、或是在生物學上的應用。 由於物種的概念對於生物學的研究、尤其是一般系統學或親緣系統學而言相當關鍵，種概念與深奧的親緣關係理論能否相互呼應便格外重要。隨著對於近幾十年來生物滅絕的關注，世界各地都在進行生物多樣性的調查、比較與保育等等，這些無一不根基在“究竟什麼是一個物種“這個概念上。雖然有數千篇的相關文章，現今人們使用的種概念比上一個世紀還要多，而動物學界的共識-生物種概念也開始動搖，現在大家都在尋找最符合親緣關係理論的種概念。本書的兩位共同作者對種概念的認知長期持著不同的意見，經過多次討論甚至爭論，都沒有達到共識，因此他們認為讓各個種概念的支持與反對者的意見在書中做闡述與辯論，會是較好的呈現。 本書可分為三大部份，第一部份為意見說明文章、第二部份為批評文章、以及第三部份的反駁。每個部份中分別有一章由各個種概念的擁護者所提供的見解，與說明反對者的意見，茲將各部分主題介紹如下：
引言
1.各個種概念的理論與在生物學上的應用- 系統生物學上的邏輯辯論
第一部份 意見說明 (Point)
2.生物種概念 (by Ernst Mayr )
3.Hennig氏的種概念 (by Rudolf Meier and Rainer Willmann)
4.Mishler 和 Theriot 所認定的親緣關係種概念：單系性、衍徵與親緣關係種概念 (by Brent D. Mishler and Edward C. Theriot)
5.Wheeler 和Platnick 所認定的親緣關係種概念 (by Quentin D. Wheeler and Norman I. Platnick)
6.演化種概念 (by E. O. Wiley and Richard L. Mayden )
第二部份 批評文章
7.對於生物種概念的批評 (by Ernst Mayr )
8.對於Hennig氏的種概念的批評 (by Rudolf Meier and Rainer Willmann)
9.對於Mishler 和 Theriot 所認定的親緣關係種概念：單系性、衍徵與親緣關係種概念之批評 (by Brent D. Mishler and Edward C. Theriot)
10.對於Wheeler 和Platnick 所認定的親緣關係種概念之批評 (by Quentin D. Wheeler and Norman I. Platnick)
11.對於演化種概念之批評 (by E. O. Wiley and Richard L. Mayden )
第三部份 辯護
12.關於生物種概念的辯護 (by Ernst Mayr )
13.關於Hennig氏的種概念的辯護 (by Rudolf Meier and Rainer Willmann)
14.關於Mishler 和 Theriot 所認定的親緣關係種概念：單系性、衍徵與親緣關係種概念之辯護 (by Brent D. Mishler and Edward C. Theriot)
15.關於Wheeler 和Platnick 所認定的親緣關係種概念之辯護 (by Quentin D. Wheeler and Norman I. Platnick)
16.關於演化種概念之辯護 (by E. O. Wiley and Richard L. Mayden )
[相關書評]G. Nelson. 2003. Book review -Species concepts and phylogenetic theory : a debate. Cladistics 19 274–275 .
[pdf]
[書名] Describing Species: Practical Taxonomic Procedure for Biologists
[作者] Judith E. Winston
[出版年代] October, 1999
[出版單位] Columbia University Press
[規格] Paper, 512 pages, 14 photo, 38 illus
[ISBN] 978-0-231-06825-3
[電子版預覽] 在此[內容介紹]
世界上所擁有的物種數量遠大於我們已經描述並命名的數量，每天都有新的物種在世界各地被發現，將它們命名於分類對世界各地研究者來說都幾乎是不可能的任務。隨著調查方法與技術的進步，各類群中新發現的物種急速增加，也亟待被描述、命名與歸類，本書是首先按部就班指導學生和研究者進行基礎分類研究的參考書。描述物種時會遇上許多困難，其問題可能來自於新種的發現者不知如何進行正式的描述發表而尚未被命名、或者該新種的描述少得可憐。生物學者遇到的命名問題也可能是因前人分類工作所引起或來自於自身研究所得到的新資訊。本書對研究者或學生來說是一個實務上的指引與範例，分別說明了如何描述在動物與植物界新發現的物種。
本書以特別的章節敘述如何發表分類學文章與進行其生態描述，同時亦包括亞種級、屬級與更高階層的描述，可增進寫作者在分類學相關計畫、報告、名錄、動植物相調查、回顧、特論或解說指南的撰寫。 本書根據最新版本的國際動物命名規約（
ICZN）和植物命名規約編寫（ICBN），並認為系統學是全球化與多元文化的活動。雖然本書是以英文撰寫，但其對各地進行分類學的人士與相關領域的學生而言都相當實用。全書共有22章，可區分為四個部份。第一部份是導論，介紹分類學的歷史、起源與演變，民俗分類學的相似性，有關近期提出的生物碼亦有討論：包括植物碼與動物碼之間命名碼的差異。第二部份講述如何辨別物種，不同的種概念之間的長處與限制，標本館中標本的標籤資訊撰寫與標本存放，以及指定模式標本的準則。第三部份提供撰寫物種描述的細節，如拉丁字尾的處理。第四部份則帶領讀者越過物種的描述來到如何發表文章，其中亦觸及分子系統學的實務現況。
[相關書評]
Carl J. Ferraris Jr. 2000. Describing Species: Practical Taxonomic Procedure for Biologists. Copeia 2000(4):1134-1136. doi: 10.1643/0045-8511(2000)000[1134:BR]2.0.CO;2
R. J. RANJIT DANIELS. 2001. Describing Species: Practical Taxomonic Procedure for Biologists. CURRENT SCIENCE 80 (6):25
[書名] Species - A history of the idea
[作者] JS Wilkins
[出版] University of California Press
[年代] 2009
[規格] 303 pages, figs.
[ISBN] ISBN-13: 9780520260856
[原文書介網頁] nhbs
http://www.ucpress.edu/books/pages/11391.php
[書評]
“少有議題能比種概念更能結合生物學家與哲學家的思維，且可以說是演化科學上最重要的主題。作者在本書中綜合嚴謹的歷史與哲學上的分析，並為此耐久的學科提供新的發展見解。” - Joel Cracraft,美國自然史博物館
"物種"這個複雜的概念隨著時間而演變，其意義至今仍未有答案。此書透過追蹤其從遠古到現代的歷史發展脈絡，以嶄新的眼光看待生物學領域的中心想法。作者 探索其本質的角度，串聯從柏拉圖與亞理斯多得的時代穿過中世紀直到近代，並細想物種在自然史中的概念-通常與生殖相連的概念。 追溯物種“生殖的概念”至達爾文甚至伊比鳩魯(希臘哲學家)的想法，作者提供對於生物學家與哲學家之間處理此概念的關連一個新的洞見。他同時回顧了一系列 近代的定義，而“物種”在過去、現在與未來的自然科學中，都是探索的標準和基礎概念的澄清。
另見Taxacom之討論
首先我說明一下為什麼這門課叫Systematic Biology. Systematic Biology這個學門包含與涉及了以下領域:
