三個課程檔案下載

一個是Discovery of Biodiversity, 一個是Phylogenetic reconstruction, 另一個是Species concept與Speciation的部份, 有7天的可下載時間....

[書介] 改觀的支序學、分類與演化 Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution

[書名] Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution
[作者] NR Scott-Ram
[出版年代] Hardcover | 1990 || Softcover | 2008 (再版) |
[出版單位] Columbia University Press
[規格]238 pages, 29 figures.
[ISBN] ISBN-13: 9780521055130 (Softcover), ISBN-10: 0521340861 (Hardcover)
[原文書介網頁] 線上預覽
[內容介紹]
本書檢驗分類及演化理論之間的關係，與不同分類學派之間思想的競爭。作者將重心置於這些意圖推翻所有在分類上的演化思想並對一般所知的演化產生懷疑的學派—轉型中的支序學派上。
作者從哲學角度和方法論的層面去探討這些思想的限制，而不是生物學的觀點。他認為轉型中的支序學派並為達到其主張，且若非毫不懷疑地假設了一個柏拉圖的世界觀，就是晦澀難懂的未曾考慮演化上的過程—也即是其正反對的過程。作者試圖透過這些分析去對客觀而始終如一的自然提出公式化的規則，以用來評斷方法論之間的競爭與那些並未有特定理論上立足點作為依靠的理論。科學界的哲學家—對分類學感興趣的動物學者，以及演化生物學者將發現這是生物學思想領域中已得到許多關注的、令人信服的研究。

全書分為以下部份：
Preface;
Introduction;
Part I. Issues Pertaining to the Philosophy of Science:
1. Theoretical and descriptive attitudes in taxonomy;
Part II. The Status of Theoretical Classifications:
2. Evolutionary systematics and theoretical information;
3. Phylogenetic cladistics and theoretical information;
Part III. The Status of Descriptive Classifications:
4. Phenetics and the descriptive attitude;
5. Transformed cladistics and the methodological turn;
6. Transformed cladistics and evolution;
Notes;
Bibliography;
Author index;
Subject index.

台大生演所胡哲民老師研究室所整理的分子演化及演化生物學中文名詞整理

這是2005年版本的, 可由此下載參考

生殖器的演化：理論、證據與新的思考方向

William G. E. 2010. Evolution of genitalia: theories, evidence, and new directions. Genetica 138: 5-18

有許多假設用來解釋為何在各類群的動物中，雄性外生殖器的演化速度似乎都明顯高於其他特徵。其中最重要的兩個理論是性擇（sexual selection）中的：兩性對抗的共演化（sexually antagonistic coevolution，SAC）與隱性雌選擇（cryptic female choice，CFC）。然而，本文作者在經過更仔細、更多方面的探究之後卻發現，SAC並不非生殖器演化的主要推手。作者認為，未來應該進行更多直接針對CFC的試驗，並對研究雄性外生殖器型式與雌性感覺能力的實驗進行修正，並進一步分析兩性在交尾時可能的互動及直接觀察其生殖行為才能有助於釐清這個問題。

Abstract
Many hypotheses have been proposed to explain why male intromittent genitalia consistently tend to diverge more rapidly than other body traits of the same individuals in a wide range of animal taxa. Currently the two most popular involve sexual selection: exually antagonistic coevolution (SAC) and cryptic female choice (CFC). A review of the most extensive attempts to discriminate between these two hypotheses indicates that SAC is not likely to have played a major role in explaining this pattern of genital evolution. Promising lines for future, more direct tests of CFC include experimental modification of male genital form and female sensory abilities, analysis of possible male–female dialogues during copulation, and direct observations of genital behavior.

本課程上課地點為生科館5013室

• 每次上課9:00整開始
• 上課地點為生科館5013室
• 修課同學應加入facebook的生態演化文獻俱樂部
  

系統生物學第二次上課所需進行的準備

第二次上課前, 同學應該要溫習普通生物學中有關"the origin of species", "population genetics", "the tree of life"這部份的章節. 並事前提出疑問.

貝氏演算法建構親緣關係，以及其對於昆蟲分類的影響

Source:Ronquist F & Deans AR (2010) Bayesian Phylogenetics and its influence on insect systematics. Annu. Rev. Entomol. 55: 189-206. [abstract]

[簡介]

貝氏演算法(Bayesian inference, BI)是一種基於馬可尼可夫鏈以及條件機率的演算法，自1990年代中期開始應用在親緣關係的建構上，特別是以分子資料為基礎資料矩陣；其優點在於相較於其他的演算法，貝氏演算法能夠以更快的速度建構出親緣關係。本篇回顧性的文章評估自1990年開始使用貝氏演算法後，對於昆蟲系統分類的影響，以及不同的模型與參數對於不同昆蟲分類群的應用與適用度。