2010年4月26日 星期一

三個課程檔案下載

一個是Discovery of Biodiversity, 一個是Phylogenetic reconstruction, 另一個是Species concept與Speciation的部份, 有7天的可下載時間....
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2010年4月19日 星期一

[書介] 改觀的支序學、分類與演化 Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution

[書名] Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution
[作者] NR Scott-Ram
[出版年代] Hardcover | 1990 || Softcover | 2008 (再版) |
[出版單位] Columbia University Press
[規格]238 pages, 29 figures.
[ISBN] ISBN-13: 9780521055130 (Softcover), ISBN-10: 0521340861 (Hardcover)
[原文書介網頁] 線上預覽
[內容介紹]
本書檢驗分類及演化理論之間的關係，與不同分類學派之間思想的競爭。作者將重心置於這些意圖推翻所有在分類上的演化思想並對一般所知的演化產生懷疑的學派—轉型中的支序學派上。
作者從哲學角度和方法論的層面去探討這些思想的限制，而不是生物學的觀點。他認為轉型中的支序學派並為達到其主張，且若非毫不懷疑地假設了一個柏拉圖的世界觀，就是晦澀難懂的未曾考慮演化上的過程—也即是其正反對的過程。作者試圖透過這些分析去對客觀而始終如一的自然提出公式化的規則，以用來評斷方法論之間的競爭與那些並未有特定理論上立足點作為依靠的理論。科學界的哲學家—對分類學感興趣的動物學者，以及演化生物學者將發現這是生物學思想領域中已得到許多關注的、令人信服的研究。

全書分為以下部份：
Preface;
Introduction;
Part I. Issues Pertaining to the Philosophy of Science:
1. Theoretical and descriptive attitudes in taxonomy;
Part II. The Status of Theoretical Classifications:
2. Evolutionary systematics and theoretical information;
3. Phylogenetic cladistics and theoretical information;
Part III. The Status of Descriptive Classifications:
4. Phenetics and the descriptive attitude;
5. Transformed cladistics and the methodological turn;
6. Transformed cladistics and evolution;
Notes;
Bibliography;
Author index;
Subject index.
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2010年2月26日 星期五

台大生演所胡哲民老師研究室所整理的分子演化及演化生物學中文名詞整理

這是2005年版本的, 可由此下載參考
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2010年2月25日 星期四

生殖器的演化：理論、證據與新的思考方向




William G. E. 2010. Evolution of genitalia: theories, evidence, and new directions. Genetica 138: 5-18

有許多假設用來解釋為何在各類群的動物中，雄性外生殖器的演化速度似乎都明顯高於其他特徵。其中最重要的兩個理論是性擇（sexual selection）中的：兩性對抗的共演化（sexually antagonistic coevolution，SAC）與隱性雌選擇（cryptic female choice，CFC）。然而，本文作者在經過更仔細、更多方面的探究之後卻發現，SAC並不非生殖器演化的主要推手。作者認為，未來應該進行更多直接針對CFC的試驗，並對研究雄性外生殖器型式與雌性感覺能力的實驗進行修正，並進一步分析兩性在交尾時可能的互動及直接觀察其生殖行為才能有助於釐清這個問題。

Abstract
Many hypotheses have been proposed to explain why male intromittent genitalia consistently tend to diverge more rapidly than other body traits of the same individuals in a wide range of animal taxa. Currently the two most popular involve sexual selection: exually antagonistic coevolution (SAC) and cryptic female choice (CFC). A review of the most extensive attempts to discriminate between these two hypotheses indicates that SAC is not likely to have played a major role in explaining this pattern of genital evolution. Promising lines for future, more direct tests of CFC include experimental modification of male genital form and female sensory abilities, analysis of possible male–female dialogues during copulation, and direct observations of genital behavior.
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2010年2月23日 星期二

本課程上課地點為生科館5013室

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2010年1月28日 星期四

系統生物學第二次上課所需進行的準備

第二次上課前, 同學應該要溫習普通生物學中有關"the origin of species", "population genetics", "the tree of life"這部份的章節. 並事前提出疑問.
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2010年1月25日 星期一

貝氏演算法建構親緣關係，以及其對於昆蟲分類的影響

Source:Ronquist F & Deans AR (2010) Bayesian Phylogenetics and its influence on insect systematics. Annu. Rev. Entomol. 55: 189-206. [abstract]


[簡介]
貝氏演算法(Bayesian inference, BI)是一種基於馬可尼可夫鏈以及條件機率的演算法，自1990年代中期開始應用在親緣關係的建構上，特別是以分子資料為基礎資料矩陣；其優點在於相較於其他的演算法，貝氏演算法能夠以更快的速度建構出親緣關係。本篇回顧性的文章評估自1990年開始使用貝氏演算法後，對於昆蟲系統分類的影響，以及不同的模型與參數對於不同昆蟲分類群的應用與適用度。
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2010年1月14日 星期四

寒假預修時程安排

請見此文件
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2010年1月2日 星期六

[書介]支序學派大全

  • ISBN 978-957-8596-25-2
  • 書名 支序學派大全
  • 作者著者／E.O. 懷利、 D.R. 布魯克、 D. 西戈爾、 V.A. 芬克 等
  • 合譯／陳星玉、陳小平
  • 審定／邵廣昭
  • 出版 1995.12.
  • 頁數 215 頁 14.8cm x 21cm 平裝
  • 價格 NT$350
  • 書介 作者著《PHYLOGENETICS》自 1981 年出版以來，受到《NATURE》及《SCIENCE》期刊的推崇，認為該書是世界支序分類學《CLADISTICS》的標準教科書之一。本書是系統發育系統學 ( 分支分類學 ) 領域重要著作。著者不但整理了有關支序學派的基礎理論與實作方法。同時提供大量的範例與練習，使讀者可以無師自通。本書適合系統分類學 (包活動物、植物、微生物) 與探討演化有關的生物科學研究人員、大專院校師生及博物館專業人士參考。漢文版並有英漢術語對照。
  • 評語 這本書被台灣很多開授系統分類學的老師採用, 但我實在要說的是, 這本書的中文翻譯得很不好, 非常不通順, 看了會頭痛+眼睛痛, 但有一些基本概念是可以看一看, 不過我個人的建議是一定要輔以網路上的資訊以及這本原文課本Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis閱讀才能正確瞭解.
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系統生物學2010年下學期課程綱要

課程大綱 (扣除期中考與期末考約16週課程, 課程內容與進度將視修課人數與學生程度調整)
  1. 系統生物學簡介與課程介紹 (寒假進度)
  2. 趨勢: 系統分類學發展回顧 - 從亞里斯多德到DNA條碼 (寒假進度)
  3. 趨勢: 演化生物學發展回顧 - 由古典遺傳學到功能基因體學 (2/24)
  4. 趨勢: 演化生態學發展回顧 - 以演化架構探討任何層級的生態議題 (3/3, 案例說明)
  5. 趨勢: 應用演化學發展回顧 - 演化生物學的預測價值如何在日常生活中發揮作用 (3/10, 案例說明)
  6. 理論: 親緣關係重建理論的演進 - 表型學派 (3/17)
  7. 理論: 親緣關係重建理論的演進 - 支序學派 (3/24)
  8. 測驗: 表型學派與支序學派的基礎概念 (3/31, 老師出國)
  9. 實作: 表型學派與支序學派的比較與演練 (4/7)
  10. 理論: 分子演化與分子遺傳的基礎理論 (4/14)
  11. 實作: 分子系統發生學的基礎邏輯與演練 (4/21)
  12. 期中口頭報告 - 對以上練習結果的呈現與分享 (4/28)
  13. 哲學: 生物的命名規約與系統分類架構 (5/5)
  14. 趨勢: 系統生物學研究所面臨的文化與政治議題 (5/12)
  15. 趨勢: 博物館, 學校, 與研究機構的角色 (5/19)
  16. 生物多樣性資訊學對演化及系統分類研究的衝擊與刺激 (5/26)
  17. 期末口頭報告 - 對一個演化或系統分類議題的綜合評述 (6/2)
課程目標 系統生物學是在演化學、親緣關係與系統分類的架構下瞭解生物多樣性的一個學門。這門課程的目標是協助學生對這個生物領域進行深刻的瞭解，並能夠進行嚴謹的討論。這門課的前半部份將介紹系統生物學的基礎歷史、任務、原理以及基本的操作。後半段將介紹主要的方法論、基礎應用以及未來的發展趨勢。

參考書籍 (請至老師的anobi書櫃觀看)
  • Forey, P.L., Humphries, C.J., Kitching, I.J., Scotland, R.W., Siebert, D.J. & Williams, D.M. (Eds.) 1998. Cladistics: a practical course in systematics. Systematics Association Publication 10. Oxford University Press, Oxford.
  • Hall, B.G. 2001. Phylogenetic Trees Made Easy. Sinauer, Sunderland, Massachusetts.
  • Hill, D.M., Moritz, C. & Mable, B.K. (Eds.). 1996. Molecular Systematics. Sinauer, Sunderland, Massachusets.
  • Humphries, C.J. & Parenti, L.R. 1999. Cladistic Biogeography (2nd edition). Oxford Biogeography Series No. 12. Oxford University Press, New York.
  • Quicke, D.L.J., 1993. Principles and Techniques of Contemporary Taxonomy. Tertiary Level Biology Series. Kluwer Publishing Group.
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