系統生物學第二次上課所需進行的準備

第二次上課前, 同學應該要溫習普通生物學中有關"the origin of species", "population genetics", "the tree of life"這部份的章節. 並事前提出疑問.

貝氏演算法建構親緣關係，以及其對於昆蟲分類的影響

Source:Ronquist F & Deans AR (2010) Bayesian Phylogenetics and its influence on insect systematics. Annu. Rev. Entomol. 55: 189-206. [abstract]

[簡介]

貝氏演算法(Bayesian inference, BI)是一種基於馬可尼可夫鏈以及條件機率的演算法，自1990年代中期開始應用在親緣關係的建構上，特別是以分子資料為基礎資料矩陣；其優點在於相較於其他的演算法，貝氏演算法能夠以更快的速度建構出親緣關係。本篇回顧性的文章評估自1990年開始使用貝氏演算法後，對於昆蟲系統分類的影響，以及不同的模型與參數對於不同昆蟲分類群的應用與適用度。

寒假預修時程安排

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[書介]支序學派大全

• ISBN 978-957-8596-25-2
• 書名 支序學派大全
• 作者著者／E.O. 懷利、 D.R. 布魯克、 D. 西戈爾、 V.A. 芬克 等
• 合譯／陳星玉、陳小平
• 審定／邵廣昭
• 出版 1995.12.
• 頁數 215 頁 14.8cm x 21cm 平裝
• 價格 NT$350
• 書介 作者著《PHYLOGENETICS》自 1981 年出版以來，受到《NATURE》及《SCIENCE》期刊的推崇，認為該書是世界支序分類學《CLADISTICS》的標準教科書之一。本書是系統發育系統學 ( 分支分類學 ) 領域重要著作。著者不但整理了有關支序學派的基礎理論與實作方法。同時提供大量的範例與練習，使讀者可以無師自通。本書適合系統分類學 (包活動物、植物、微生物) 與探討演化有關的生物科學研究人員、大專院校師生及博物館專業人士參考。漢文版並有英漢術語對照。
• 評語 這本書被台灣很多開授系統分類學的老師採用, 但我實在要說的是, 這本書的中文翻譯得很不好, 非常不通順, 看了會頭痛+眼睛痛, 但有一些基本概念是可以看一看, 不過我個人的建議是一定要輔以網路上的資訊以及這本原文課本Cladistics: the theory and practice of parsimony analysis閱讀才能正確瞭解.
  

系統生物學2010年下學期課程綱要

課程大綱 (扣除期中考與期末考約16週課程, 課程內容與進度將視修課人數與學生程度調整)

1. 系統生物學簡介與課程介紹 (寒假進度)
   
2. 趨勢: 系統分類學發展回顧 - 從亞里斯多德到DNA條碼 (寒假進度)
   
3. 趨勢: 演化生物學發展回顧 - 由古典遺傳學到功能基因體學 (2/24)
   
4. 趨勢: 演化生態學發展回顧 - 以演化架構探討任何層級的生態議題 (3/3, 案例說明)
   
5. 趨勢: 應用演化學發展回顧 - 演化生物學的預測價值如何在日常生活中發揮作用 (3/10, 案例說明)
   
6. 理論: 親緣關係重建理論的演進 - 表型學派 (3/17)
   
7. 理論: 親緣關係重建理論的演進 - 支序學派 (3/24)
8. 測驗: 表型學派與支序學派的基礎概念 (3/31, 老師出國)
   
9. 實作: 表型學派與支序學派的比較與演練 (4/7)
   
10. 理論: 分子演化與分子遺傳的基礎理論 (4/14)
    
11. 實作: 分子系統發生學的基礎邏輯與演練 (4/21)
    
12. 期中口頭報告 - 對以上練習結果的呈現與分享 (4/28)
    
13. 哲學: 生物的命名規約與系統分類架構 (5/5)
    
14. 趨勢: 系統生物學研究所面臨的文化與政治議題 (5/12)
    
15. 趨勢: 博物館, 學校, 與研究機構的角色 (5/19)
    
16. 生物多樣性資訊學對演化及系統分類研究的衝擊與刺激 (5/26)
    
17. 期末口頭報告 - 對一個演化或系統分類議題的綜合評述 (6/2)
    

課程目標 系統生物學是在演化學、親緣關係與系統分類的架構下瞭解生物多樣性的一個學門。這門課程的目標是協助學生對這個生物領域進行深刻的瞭解，並能夠進行嚴謹的討論。這門課的前半部份將介紹系統生物學的基礎歷史、任務、原理以及基本的操作。後半段將介紹主要的方法論、基礎應用以及未來的發展趨勢。

參考書籍 (請至老師的anobi書櫃觀看)

• Forey, P.L., Humphries, C.J., Kitching, I.J., Scotland, R.W., Siebert, D.J. & Williams, D.M. (Eds.) 1998. Cladistics: a practical course in systematics. Systematics Association Publication 10. Oxford University Press, Oxford.
• Hall, B.G. 2001. Phylogenetic Trees Made Easy. Sinauer, Sunderland, Massachusetts.
• Hill, D.M., Moritz, C. & Mable, B.K. (Eds.). 1996. Molecular Systematics. Sinauer, Sunderland, Massachusets.
• Humphries, C.J. & Parenti, L.R. 1999. Cladistic Biogeography (2nd edition). Oxford Biogeography Series No. 12. Oxford University Press, New York.
• Quicke, D.L.J., 1993. Principles and Techniques of Contemporary Taxonomy. Tertiary Level Biology Series. Kluwer Publishing Group.