在生態、演化與系統分類領域的研究中，有一種題目一直是歷久不衰的，也就是"X與Y的比較"。我每次看到這種題目我就會問同學："X和Y的比較基礎是甚麼"？但是不少同學都無法回答。我不知道同學是否受到台灣媒體上那些動不動就把名人抓來比一比的影響，而不知道甚麼叫"比較基礎"。
就好比你拿Jolin和周杰倫比身高、收入、緋聞數、專輯數、或寵物是沒有意義的，因為兩個人的性別不同，而性別在某些方面決定了努力的方向與市場訴求。所以有甚麼好比的？
就好比你拿Jolin和周杰倫比身高、收入、緋聞數、專輯數、或寵物是沒有意義的，因為兩個人的性別不同，而性別在某些方面決定了努力的方向與市場訴求。所以有甚麼好比的？
洪秀柱和蔡英文能比嗎？可以，因為兩人都是潛在的總統候選人。但是當她們兩個人不再是總統候選人時，就失去了除了性別以外的共通點，所以就沒甚麼好比的。
在我們這個領域的研究也是一樣，兩個物種相比是要有基礎的，而那個基礎就是在於演化上具有最近或相對接近的共祖(the most recent common ancestor)，或值得注意的趨同(convergence)。如果違反了這個原則而衍生出過度的解讀，可能就會出現偽科學，甚至是科普傳播上的災難。
我舉幾個例子來說：
我舉幾個例子來說：
- 高身鯝魚和苦花是白甲魚屬在台灣唯二物種，前者分布在低海拔河川，後者分布在中海拔溪流。那我能不能比較牠們對水溫的適應與食物資源的利用？可以。這個比較基礎在於牠們是同一屬的，而且各自代表一個白甲魚屬內的支系。但是，比較了台灣的兩個種以後就能因此推測出"兩者的共同祖先到了台灣以後產生與海拔梯度相關的適應與分化嗎?" 不行。因為牠們不具有最近的共祖，所以光是這樣比，不可能了解對溫度的適應究竟來自於亞洲大陸上祖先型質的保留(也就是譜系發育限制phylogenetic constraint)，或是在台灣才產生的溫度棲位轉移。所以呢，牠們可以被比，但其比較結果不能被過度解讀，因為親緣關係不夠近的生物被拿來比，就會沒有充分的理由能解釋差異的來源。如果兩個物種足以代表兩個演化支系，那也是有前提的，也就是＂各支系內部個物種之間的棲位、形態等特質的差異極小＂。如果支系內部物種間的差異極大，那麼各挑一個物種出來，就不具代表性。
- 菊科植物的棲位繁多，可能是草本、木本、藤本，可以是陸生也可以是水生的。如果有人做了一個題目，要比較＂氣孔形態＂，他可能就會去做一堆的電子顯微鏡觀察，然後呢，他一定會＂看到差異＂。但是請問看到差異以後要做何解釋？他能馬上使用這個差異來推測某個環境因子對氣孔分布、尺寸、形態的選汰壓力？應該是不能。那他能不能比？可以，因為多方收集資訊做為未來檢驗現象與假說的基礎仍然是必要的。但是他能不能馬上得到解釋？不行。
- 有袋類和真獸類之間有很多有意思的，因為趨同而產生的平行演化現象。所以我們可以比較鼴鼠和袋鼴鼠、鼯鼠和蜜袋鼯之間的差異嗎？他們很顯然沒有近親的關係啊。嗯，當然可以。因為牠們之間的趨同非常精巧，除了生殖結構上的差異之外，在飛膜的形態上幾乎是雷同的。所以如果要比，是要比什麼？比比看牠們之間究竟有多少雷同與相異之處，並且了解這些雷同之處究竟來自於有袋類與真獸類之間的趨同？還是有袋類與真獸類共同祖先的祖徵？這才是比較的意義。
如果有心，什麼都可以拿來相比，但如果你將試圖詮釋比較所得到的結果，那麼就一定要有一些演化概念。在這個領域中，所謂的＂比較基礎＂就是控制變因，為什麼演化重要？因為正如Dobzenskey所說的：Nothing in biology makes sense except in the light of evolution。
