你該如何撰寫分類學論文中的「前人研究」？

當了多年期刊編輯，也審過為數不少的論文後，我發現很多論文草稿(manuscript)一開始就令人讀不下去，或失去耐性的原因之因就是提及「前人研究」的部份寫得超爛。有多爛呢？就是爛到讓讀者失去耐性，完全不想讀，而且會開始懷疑作者學術能力的那種爛。

我簡單歸納一下我常看到的寫法：

• 使用年代排序：例如1902年發生什麼事，1925年發生什麼事，然後2015年發生什麼事。
• 使用作者排序：甲做了什麼事，乙做了什麼事，丙做了什麼事。
• 使用地區排序：亞洲有什麼研究、美洲有什麼研究、非洲又有什麼研究。

好的，以上的寫法都不好，為什麼？

我們在寫論文的時候如果要回顧前面的研究，那麼我們回顧的通常是「議題的起點、分支、發展、融合、衝突、調合」的過程。任何以單獨以年代來切割與回顧研究歷史都不恰當的原因是「所有的研究模式與學者的作為都未必能根據年代切割」。

好比說有甲學者在1895年建立一個分類體系，同時間乙學者在1895年發表了10個新種，丙學者在1925年在不知道甲學者的情況下又建立一個分類體系，而丁學者在2012年發表了10個物種。這種看似有點時序排列的幾個事件若這麼平鋪直序地寫了出來，對讀者來說是非常空洞且沒有意義的。

身為一個研究者，若打算寫一篇論文，那這個前言就一定要對這篇論文之前的所有相關議題的進展說得清清楚楚。就我的觀點來說，以議題的進展為主軸來書寫是比較易懂，且能釐清歷史的。

我舉個例子來說。好多作者在論文中談到某個分類群的分類研究史的時候，經常使用年代來陳述。但比較妥當的寫法應該是：

• 在開始寫之前思索整個研究歷史應該被切割成多少議題？基礎分類學的起點？各國學者競逐描述新物種？各別物種基礎生物學的探索？分類體系的建立？鑑識或具親緣關係重建價值特徵的討論？新研究方法的導入與應用？假說的倡議？衝突觀點的辯證？還是地區性生物相的綜覽與整理？
• 如果你認知分類學研究必然會包含以上幾個議題，那麼請你從上述中挑出你現在要寫的這篇文章會包含那些議題，然後再根據你那個分類群的研究過往與現況，同時思考以從以前到現在、地理區域由小到大、研究議題從小到大、研究方法由舊到新的安排來撰寫前言。。

在我審稿的經歷中，我最怕看到的就是作者使用一模一樣的句構，也就是「A在某年描述了X個物種，把那個學名視為誰的同物異名」這種喃喃自語。這種喃喃自語非常無聊的原因是，其所提供的資訊和文章內的異名表(synonymy)是完全重疊的。讀者真正想看到的是「從開始到現在，這個議題的科學進展，而不是各別科學家描述新分類群的功德榜」。

光是能把這個段落寫，我認為就已經功德無量，至少把這種段落寫得好就真正能夠幫助讀者瞭解議題，而不是讓讀者在難以看懂的狀況下跳過整段，甚至討厭起這樣的論文。

譜系發育、演化與系統分類文章之常見誤用詞彙 (1) 動詞篇

圖片來自Curtis’s Botanical Magazine. v. 62 (1835). http://www.biodiversitylibrary.org/page/465887

其實我想要寫這系列的文章很久了。之所以想寫的原因是看到學生報告中有很多奇奇怪怪的錯誤。但是當我一查wikipedia、某些教科書的補充教材，或是一些知名科普網站的科普文時，我整個秒懂了。很多錯誤早就散播在各處，若不是這個領域的研究者在看了以後一定是不疑有它照單全收的。既然這樣離譜，那麼我就打算寫幾篇短文來告訴大家經常出現的錯誤是什麼？而這個領域的學者會使用什麼樣的詞彙與術語？首先從「動詞」開始。

台灣學生學習學術寫作甚至是閱讀的時候有一個毛病，也就是只背「名詞」，但是不在意要在什麼樣的語境、目的與口吻下使用什麼樣的動詞來產生該名詞的意涵或行為。另外在學校教育中很愛考「解釋名詞」，通常在評分的時候老師也只是「意思對了就給分」，因此學生就只記得「名詞」但從來不會想到究竟應該要怎麼用。

無論如何，我想要先從動詞開始談起。在我們這個領域裏最常看到的錯誤例句有那些呢？以下是我的觀察與修改建議：

• A生物被「分類」成某屬?分類(classify)這個動詞通常只能使用在同一階元(rank)之內，好比說「某種芋螺被某個作者分為三個亞種」(A conid species was classified as three subspecies)。但在這個錯誤例句中，「種」和「科」是不同的階元，一個物種只能被「放置」在一個更高一級的階元，而不能被「分類」在更高一級的階元。在英文中可以使用be placed in、be allocated in、be associated with來表達。此外一個物種就算被放置於某個更高階的分類群，也不會無端跳過好幾層的階元。例如「A物種被置於某個綱」就是非常無稽的用法。
• A物種被「分類」成一個亞種？這也是大錯。種級分類群(specific taxon)的階元包含了「種」(species)、「亞種」(subspecies)、「變種」(variety)(植物適用)與「型」(forma)(植物適用)。在種級分類群之內會有時會有階元上的升降，因此應該被使用的精準動詞是「升級」(upgrade或elevate)或「降級」(downgrade)。例如：
  
  「A物種被降為B物種的一個亞種」，請使用A is downgraded as a subspecies of B。
  「A亞種被提升為一個種」，請使用A is upgraded as a full species。
• A生物被「分類」成某一個分支?這樣的句型我在台灣的科普文中太常看到，也很無稽。這邊所謂的「分支」所指的應該是「分支群」(clade)或「演化支系」(lineage)。事實上一種生物只能「屬於」(belong to)，或在某個分析後被「收聚在」(be clustered with)一個分支群。我們絕對不能把譜系發育假說(phylogenetic hypothesis)與分類體系(classification)混為一談，雖然前者是後者的基礎。
• 「處理」(treat)是一個精準的動詞嗎？就中文使用人口的習慣來說，「把某種樹處理為三個種」聽起來好像沒有什麼問題，但若我們使用treat這個字時就要非常小心，因為這個動詞其實並沒有精確表達分類作為(taxonomic act)的意涵。如果你想說的是：
  
  「A物種與B物種合併」，請使用A is synonymized with B (同物異名化)而不是combined或treated as same as。因為在分類學上combine這個字多使用於屬與種間的組合(combination)或高階分類群之間的整併。
  「A物種被拆成3種」，請使用A is separated as three species或A is split into three species，而非A is treated as 3 species。
  「A-us被處理成B屬的物種」，請使用A-us is transferred (轉移) to B genus，而不是A-us is treated in B genus。
• 新種是被發現？找到？還是描述？這也很困擾人。很多人都愛說「我找到一個新種」。聽起來那個「找到」對應的英文是find，但是請問你有掉東西嗎？是掉錢還是手機？如果沒有「遺失」為什麼要「找回來」(find)？新物種不是這個樣子的。物種一直都存在於自然界，只是未必被科學家「命名」或「描述」。因此在分類學上，我們可以說有新物種被「發現」(discovered)、「描述」(described)與「命名」(named)，但絕不能說「找到」。
• 「建立」演化樹?聽起來好合理，很多人進行分析時都說「建樹」，結果就有學生以為那個「建」是establish或construct，整個是大錯呀。因為我們現在看到的是演化力量的「結果」，而造成現在可見現象的事件已經過去了，所以我們只能「重建」(reconstruct)演化樹，而不能「建立」它，更別說使用「畫」(draw)這麼不科學的詞彙了。

其實以上所提的例子都只是一些很初步的案例，其實還有更多的語境和語意是上面的案例所沒有顯示的。我會建議同學讀論文的時候要分析一下同樣的語意，何時會使用主動態，何時使用被動態？然後在何種情況下同一個術語會接上不同的動詞與介係詞？當你看到不同的動詞出現時，究竟是意義大不同或只是換個說法也通？我認為這才會是有效的閱讀與學習，也不會因為自己想當然爾的認知而讓整個寫作亂七八糟到無法修改的地步。

「某地區的某分類群檢討」這類題目究竟應使用in？from？還是of？

Lademann在1870年的木板畫，描述Humboldt與Bonpland在奧利諾科河行程中的討論

今天談一個常見，但是很少被注意的用詞問題，也就是「某地區的某分類群檢討」(A taxonomic revision of XX in/from/of XX area)這類題目的介係詞應該用那一個的問題。你說這是一個什麼大事嗎？看起來都有人用啊～任取一個來用有差嗎？其實是有一些細微的差異的。我舉例來說：

• A taxonomic revision of Papilio of Taiwan
• A taxonomic revision of Papilio in Taiwan
• A taxonomic revision of Papilio from Taiwan

差在哪裡？看起來不就都是「台灣產鳳蝶屬的分類檢討」嗎？我們先談of好了。各位認為使用of是否涉及以上的詰問？是否比較沒有作者與資訊接收者的立場問題？of相對單純的表達「台灣的」的意涵。

那in呢？in不是沒有人用，但是在所有分類群回顧或新分類群描述的文章標題中，使用in這種「指稱所在位置」的介係詞其實是相對少見的。而且在這類型的論文中，並沒有特別需要強調所在位置之必要，因此使用in是不被建議的。

那from呢？看起來好常見喔，到2017年還是有人使用。這事實上涉及幾個議題：

• 你是誰？
• 文章給誰看？
• 你的人在哪裡？
• 你的讀者在哪裡？
• 台灣對你來說是本地還是它地？

在分類學發展的早期，甚至一直到20世紀中葉，使用from是非常常見的。但各位如果仔細一看是否會發現，使用from的作者幾乎不會是該地方的本國學者。為什麼？當你不是台灣人，然後你身處另一個國家或自己的母國，對著母國或全球讀者介紹遙遠的台灣所產的鳳蝶的分類回顧時，你一定會使用from。因為使用from就意味著台灣是它地，而「我」是這個資訊產生與傳播的中介者。

我換一個案例好了。假設我身為一個台灣人，對著國際科學社群宣稱，我在中南半島北部發現了一個新物種，那麼我使用A new species from XX聽起來好合理。但假設我現在跑到越南河內或是胡志明的大學去演講，然後我是用from跟「該國人」介紹這個新物種，不覺得使用from就帶有那麼一點學術殖民的色彩和尷尬嗎？

我相信一個標題訂出來以後，就應該是放諸四海皆準的，而不應該因為在不同場合出現而產生困擾。使用from是可以理解的，但是在現在這個年代，應該要尊重在地生物資源與學術社群的前提下，我認為使用of是最為中性的。

除田野調查可能遇上的無常，還有什麼風險是我們這行可以避免的？

標本館中總是會有一些藥品產生的揮發物質，長期吸入絕對是有問題的

相信很多人就算還沒進入生態、演化、生物多樣性或廣義的環境科學這些領域之前，也應該聽過居禮夫人的故事。居禮夫人在1934年因為接觸過量的放射性物質而在66歲就去逝。但是當你聽到這個故事的時候，會覺得科學家很辛苦？或會覺得這是一個職災？

其實我們偶爾就會聽到一些同行老師、學生與朋友在專業工作上遇到意外而造成的遺憾。很多人可能會立刻想到的就是山難、溺水、蜂遮、雷擊、寄生蟲咬傷(如恙蟲)、傳染病(如瘧疾、屈公病、登革熱等)、嚴重感染與外傷(如蜂窩性組織炎)、土石流、山崩、還有交通事故。但是除了這些以外還有一些可大可小的意外是我們在田野調查與室內研究工作中會遇上，而且可以避免的。我舉幾個例子來說：

• 放射性物質：很多年前，中部某國立大學曾經爆發研究生之間的糾紛，被告以同位素來毒害同一個研究室同學的情事。雖然不是說要恐嚇大家，但是實驗室的安全守則一定要遵守。尤其是操作放射性物質者一定要謹遵所有的教育訓練訓示，不可以偷懶少掉任何一個步驟。
• 有毒揮發溶劑或其它物質：這在很多學校和機構都會出現。出現在那？大樓的樓層之間有一些奇奇怪怪的管線，有時候連系辦都搞不清楚是怎麼設計的。但是你就是會在走廊或某個地方聞到揮發溶劑的惡臭，而且整個散不掉。其實最毒的地方是標本館，無論是植物或動物標本館。有很多舊時的標本還會＂塗毒＂(例如台大植物標本館、中研院植物標本館、林試所植物標本館、農試所昆蟲標本館之類的)都會有塗毒標本。除了標本塗毒以外，整個標本典藏空間都有各式各樣不同種類的防蟲藥丸，尤其是對氯二苯這類的東西不旦對蠶豆症者有害，也有可能致癌。有些長期在通風不良的標本館工作的人就被認為是高風險群。然而現在比較進步的標本典藏使用費洛蒙誘餌除蟲，也使用低溫冷凍來處理標本，所以用藥量基本上是大減的，但是長時間待在標本館還是非常不好的。
• 跌倒：跌倒有什麼好說的？有。說真的很多研究室的書架都很高，櫃子一堆，但卻沒有合格的梯子。有些人會因為貪圖方便而使用有輪子的椅子就將就一下。一個人在實驗室搬高處的東西然後摔倒沒人知道是超慘的事。我的前老闆就是因為這樣在實驗室把手臂摔斷，流了一地的血，骨頭整個跑出來。還好有同學經過要不然他當時就掛了。
• 不明生物的刺傷：雖然台灣不是一個生物多樣性太高的地方，我認為很多人低估在野外會遇到有毒生物的機會。更糟的是你根本不知道會被什麼刺到咬到或嚴重過敏與感染。尤其是在海邊潮間帶這類的地方，有些人就是不信邪會光腳下去亂踩。如果遇到芋螺的話會如何？另外海洋弧菌的感染也十分可怕，這是不能掉以輕心的。

我只是隨便舉幾個例。另外天氣預報、路況報導稍微看一下吧。然後如果有任何的實驗室安全訓練，還有野外課程安全的訓練請一定要參加。先萬不要認為買了高檔的設備就能防滑防雨防失溫防骨折防腦震盪防嗆水防有毒氣體。除了防意外，也記得要從自己的工作與學習場所開始讓一切安全，讓可以操之在己的部份是安全的。

文字和圖版的發表年代不一致怎麼辦？以《奧地利諾瓦拉巡航鑑環遊世界之旅》為例

Reise Novara中的一個圖版，也就是珠光鳳蝶(原名亞種)被發表時所引用的圖版(連結自wikicommon)

就現代分類學研究的一般認知來說，一篇文章或單行本(monograph)中的文字與圖片的發表年代一定是一致的，絕不可能出現文字發表於2017年，而圖片直到2019年才發表，甚至還被後人追認「同屬一篇文章」。然而在第一版國際動物命名規約(ICZN)於1905年出現之前，有許許多多的分類學出版物經常出現「同篇文章的文字與圖版在不同年份的期刊發表」，或是一本或一系列的書籍的每一部份文字與相伴圖版的發表年代不一樣的問題。這在出版年代的引用與命名優先權(nomenclatural priority)的判斷上給分類學者帶來莫大的困擾。

因為多數的讀者其實不可能確切知道那一頁與那一圖是在那一年完成並付梓印刷，除非有人在作者身邊記載下這些過程，或是作者本身留下記錄讓後人考證。

我們先就目前ICZN對「發表年代認定」一事的說明談起。ICZN的第五章就是談「發表年代」(date of publication)這個議題，此章之下有兩個條款，分別為第21條款 -「日期的認定」(Determination of date)與第22條款「日期的引用」(Citation of date)。其中21.5與21.6與這個議題有關。

21.5談到Dates of work issued in parts，也就是一個研究著作分批發表的狀況。如果真有著作有這樣的狀況，那麼每一個部份的發表日期就得被分別確認。

21.5談到的是Range of date，也就是說有一本書寫了一段時間，那麼合法的出版日期應該是最後完成日期。

好問題來了，因為我們在談論的是分類學文獻，所以如果文字和圖版的印行出版日期不同怎麼辦呢？根據條款21.1，就算文字與圖版並非一起發表，某個新分類作為的合法發表日期應該套用於「在文字中具體出現分類處理」的那個部份。

但如果發表時間的判斷上有這樣的困惑，那引用方法呢？那就得看條款22。在條款22A.2中提到「若實際發表時間(actual date)與刊物上的印行時間(imprint date)是不一樣的，那就應該要引用實際發表時間」。如果作者希望同時引用兩個時間，那引用的格式應該是如下幾個格式：

• Ctenotus alacer Storr, 1970 ("1969")，或
• Ctenotus alacer Storr, 1970 ["1969"]，或
• Ctenotus alacer Storr, 1970 (imprint 1969)，或
• Ctenotus alacer Storr, 1970 (not 1969)

事實上從林奈時期到19世紀，這類造成合法發表年代判斷困難的出版物相當多，無論是期刊或單行本都有。我在這邊就以在動物分類學上相當重要的著作 -《奧地利諾瓦拉巡航鑑環遊世界之旅》(Reise der österreichischen Fregatte Novara um die Erde in den Jahren 1857, 1858, 1859 unter den Befehlen des Commodore B. von W)為例來說明。

先岔題，我先聊一下這本書是怎麼產生的。

在歷史上有一個戰爭叫作諾瓦拉戰役(Battle of Novara)，這個發生在1849年的戰役與第一次義大利獨立戰爭有關。誰跟誰打呢？奧地利帝國(Austrian Empire)與薩丁尼亞王國。中間我直接省略，反正後來奧地利帝國打贏了皮埃蒙特共和國(Piemonte)，然後佔領諾瓦拉等地，並直取薩丁尼亞首都都靈。1858年奧地利與皮埃蒙特簽約結束戰爭。但是啊，就在1849年雙方開始打仗之後，1850年奧匈海軍就建造了一部巡防艦，叫SMS Novara。這部巡航艦當然在戰場上發揮了相當的功能，但是在戰事末期的時候，它卻還在1857年4月30日到1859年8月30日之間進行一個全球性的科學遠征。

這艘巡航艦上載有345名船員，加上7名科學家。這個科學遠征行動是由維也納皇家科學院加上地質學者Ferdinand von Hochstetter與動物學者Georg von Frauenfeld所共同策畫。這個科學遠征在許多領域的科學發展上扮演一定的角色，例如在這個遠征中發現了古柯、探索了印尼的尼可巴群島(Nicobar Islands)、調查紐西蘭的地質，並探索南半球的海洋學與水文學。

這個遠征最重要的成果就是收集了高達26,000件的動植物與人類文化樣本。所有的標本都被帶回奧地利的維也納自然史博物館。這個科學遠征的所有成果被收錄在高達21冊的報告，也就是我在上段所提到《奧地利諾瓦拉巡航鑑環遊世界之旅》。這套書由維也納科學院所發行，整套書所涉及的地區有直布羅陀、里約熱內盧、開普敦、聖保羅島、斯里蘭卡、馬德拉斯、尼卡巴群島、新加坡、巴達維亞、馬尼拉、香港、上海、密克羅尼西亞的Puynipet島、奧克蘭、雪梨、大溪地等地。

好我們回到正題。在這部書中有超級多的物種被描述，包含我們熟知的珠光鳳蝶。但是因為此書的文字與圖版經常被發現於不同年代完成，因此在引用正確發表年代時就會產生問題。所幸在過去有一些非常精於文獻考證的分類學者在閱讀許多作者的手稿與信件往來之後，便整理了整部書各冊與冊中各部份的年代。例如以下兩篇文獻：

Dos Passos, CF (1958) The authorship and dates of publication of the names of some Rhopalocera proposed in the Rese der Osterreischen Fregatte Novara um die Erde in den Jahren 1857, 1858, 1859 unter den Befehlen des Commodore B. von W. The Lepidopterist's News 193-194. 

Higgins, LG. (1963) Dates of publication of the Novara Reise. Journal of the Society for the Bibliography of Natural History 4:153-159.

如果我們在研究或一般書寫上遇到這樣的分類群，最好的查閱方法有幾個資料來源：

1. 各分類群的全球性分類資料庫
2. 已經被發表的該分類群名錄與分類學回顧
3. ICZN的official list
4. 還有相關作者名份與出版物日期的考證論文

如果一具標本是"假的"該怎麼解？

這隻雙尾蝶標本的右後翅其實來自小雙尾蝶，是一具拼裝標本

從腹面看這具拼裝標本

小雙尾蝶的右後翅黏合到身體的技術還不錯

看起來整個和胸部分離的後翅才是雙尾蝶的真正後翅

大家都聽過論文造假，但你有沒有聽過標本造假？其實假標本(fake specimen)或拼裝標本並非不常見，而且經常存在一些"漂亮到不忍令人解剖"的分類群上。

除了一般正常的生物研究標本之外，會有那些類型的標本是"假"的？假的程度有何不同？真的會影響科學研究嗎？

• 為了譁眾取寵而捏造的標本：還記得鴨嘴獸剛被發現時，歐洲學者認為那根本就是造假標本的故事嗎？為什麼在那個年代的學者會有那樣的懷疑？那就是因為造假之風太盛行。標本造假的用意就是為了出名，但是為什麼會有出名的可能？那是因為殖民時期歐洲人需要海外見聞，而這樣的需求就養出了一些招搖撞騙的騙子，專門製造假標本來愚弄科學界或有錢人。假標本的製作通常是很精巧的，對於缺乏生物常識的人來說就會覺得非常逼真。近年最有名的假標本事件大概就是遼寧古盜龍的騙局。由於帶羽恐龍研究在當時是非常重要的題材，競爭者眾，任何一具標本的出土都可以被科普媒體當成天大的新聞，因此那對帶羽恐龍研究是有一些小影響。但是因為該事件後來所有恐龍化石研究，在標本的檢查上都變得更為謹慎；
  
• 為了藝術價值而偽造的標本：承上段，由於假造標本有一段長久的歷史，這使著有些藝術家和收藏家為了重現或緬懷當年的情境，而開始製造一些更精巧的假標本。例如江本創所設計的幻想標本就是非常精采的創作，但這與科學已經沒有關係；
  
• 刻意雜交而產生的樣本：例如在1990年代，有一些中國淡水龜被描述成新種。例如Stuart & Parham (2007)就踢爆什麼Ocadia glyphistoma、Ocadia philippeni都是繁殖場中刻意雜交然後再賣給不知情科學家的"假物種"。對於搞不清楚動物繁殖產業中雜交作業的科學家來說，看到那些奇怪的個體會以為是撿到寶；
  
• 刻意藉由選育來強化某些性狀而出售的標本：知名的例子就是鳥翼蝶，還有一些容易在人工環境下飼養的大型鳳蝶，好比大鳳蝶。有些大鳳蝶的亞種具有非常高的雌性多態性，因此有些繁殖者就會不斷地經由累代繁殖來增強某些性狀，然後產生在自然界中非常稀少的性狀組合。然後再謊稱一個採集地點來賣給收藏家或科學家。這樣的造假其實沒有那麼嚴重，因為那比較像是把灰狼在一兩年內馴化成吉娃娃，然後宣稱那是新種後賣給科學家。物種本身是一樣的，就只是刻意用人擇的方式挑出特別的個體，因此生物學家本身的知識量得足夠才能看清楚這個迷團；
  
• 展示用填充復原標本：最有名的"假標本"就是所有博物館中的度度鳥。事實上沒有任何一隻度度鳥的完整標本被留下來，只有殘骸，例如存在牛津大學動物學標本館的腳與頭部就是。那很多博物館中看到的度度鳥標本是什麼玩意兒？那些通通都是使用鵝毛貼上假身體重建的假標本。其目的就是展示，而不是科學研究。這樣的標本並不影響科學研究，但若沒有清楚說明，就有可能影響公眾的認知；
  
• 為了避免標本不完整而進行的修補：這類的問題也經常出現在蝴蝶標本上。有許多蝴蝶本身稀少，或非常漂亮(例如鳥翼蝶)，所以有些收藏家，甚至是科學家為了不想看到"不完整的標本"，所以在標本被解剖以後，就會黏一個假肚子上去，或是使用其它蝴蝶的翅膀來修補受損翅面。有一些修補比較精細，基本也還是拿同種蝴蝶來補，但有些修補很荒謬，就像我在上面所顯示的這隻雙尾蝶，就是由兩個物種所湊起來的。一開始朋友問我"這會不會是雜交種"？我認為可能性很低，為什麼呢？沒有任何一個已知的蝴蝶種間雜交個體顯示這種"只有一個翅膀屬於其中一個親本"的樣子。我們收到標本之後仔細地檢查了後翅基部與後胸的連結處，結果發現這隻標本原本已經腐壞，所以胸部破損嚴重。原本的後翅早就脫落，再以非常粗糙的方式黏回。但是黏得比較精巧，看起來翅基與翅腱骨都對上的，居然是另一種的後翅。以這樣的標本來說，因為不涉及科學研究，大體上也沒什麼害處。但有沒有什麼樣的修補是有害科學研究的呢？
  
  有的。我曾經見過有A物種的模式標本，因為被人為損毀之後接上B物種的翅膀。像這樣的狀況來說，B物種的拼接並不影響A物種發表的合法或有效性，但是，在標本檢查與引用時，一定要註明應來自B物種的拼接部份排除。

其實標本的造假有時候還不是最嚴重的，最容易傷害科學資訊品質的，反而是標本籤的資訊，好比海拔、地點、經緯度、年代，這才是最令人摸不著頭緒，也難以檢驗其真偽的部份。

當我們看到某個高階分類體系有大變動時，應該關注什麼議題？

圖片來自Nature 543: 501-506.

恐龍(Dinosauria)的親緣關係在Baron et al (2017)發表在Nature的這篇文章中被大翻新了。許多科普媒體和一般媒體也大幅報導了這項研究成果。我大致上看了10篇外電報導後發現，多數的文章會花一點篇幅聊聊恐龍是什麼樣的生物、在大眾心目中的地位是什麼。然後再進入主題說明過去恐龍親緣關係架構為什麼是根據骨盆型式發展出一個二叉式(dichotomy)結構，也就是由鳥臀類(Ornithischia)加上蜥臀類(Saurischia)，最後再談談這個由Seeley在1887年所提出來的架構在這個最新研究中受到什麼樣的挑戰。最後提到原本屬於蜥臀類的獸腳類(Theropoda)與鳥臀類因為在新的假說中變成姐妹群，因此這個姐妹群就得到一個新的「分支群名」(clade name)，被稱為Ornithoscelida。

好，然後故事就結束了。

高階分類群的變革對許多舊有的知識架構當然有很大的影響，但是我們在看待這類論文的時候應該要做什麼？要馬上把自己腦袋中的分類架構翻新一次，然後就開始傳頌這個新體系，否定舊體系嗎？其實不是這樣的。

當我們看到這類文章的時候其實是有幾個問題應該思考的：

1. 舊有假說是如何被建立的？當時對演化的概念是什麼？和現在的概念可以擺在同一個天平看待嗎？事實上Seeley在1887年提出構想的時候，現代的支序學概念根本連萌芽都還沒有，因此舊有假說或許被現代演化生物學的演算結果推翻了，但是我們不能因此強烈批評過往假說是錯的，因為沒有比較的基礎；
2. 舊有假說的分類群取樣密度為何？
3. 舊有假說對特徵演化(character evolution)的概念是什麼？漸變式的？跳躍式的？
4. 舊有假說所採用的特徵完整度有多高？就現在的眼光來看有多少缺失資訊(missing data)？
5. 在目前最新的假說與舊有假說之間，還有沒有其它假說可以拿來相提並論？這也就是說，不要忽視其它過往作者的努力，即使有些假說非常過時或無稽。
6. 那麼最新的這個假說是怎麼被重建的？分類群取樣綿密嗎？有代表性嗎？被納入的物種的特徵完整度高嗎？特徵分析的品質如何？二態和多態特徵所佔比例為何？外群是誰？是多外群嗎？"0"這個狀態會置於那一個類群？這個被重建的新假說除了bootstrap以外還有沒有其它方法評估其穩定性與可靠度？作者有沒有故意不解釋bootstrap值低落的原因？有沒有可能刻意拉掉公認難搞的分類群來拉高bootstrap值？這個樹被重建後還有沒有被做過其它假說檢測？例如使用Templeton's test或是Kishino-Hasegawa test來檢驗新假說的可靠程度？
7. 這個假說的定年是仰賴什麼做的？每一個化石定年本身的誤差範圍和親緣關係樹定年校正的誤差範圍有沒有加成性？
8. 如果這個新假說被接受了，那麼究竟會影響到多少我們對特徵演化的觀點？會不會影響生態假說？
9. 有沒有分類群消失了？有沒有新分類群出現了？有沒有舊分類群需要被重新定義？

其實以這篇文章來說，我個人是有一些疑問的，而且我甚至認為要不是這個發現的確有趣，如果談論的只是現生物種，甚至很有可能是不會被接受的，為什麼呢？

1. 這篇研究的特徵在樹的重建之前，被直接指定為"有序的"(ordered)。這在支序分析都是很奇怪的，因為一般來說我們必須要對特徵演化方向保持中立，所以不應該在事前指定特徵演化方向。但，這篇文章就這麼做了。如果可以事前指定方向，那還需要外群來置根(rooting)嗎？
2. Fig.1所顯示的bootstrap frequency和Bremer support都很低，尤其是蜥臀類那個分支群根本就沒有。在這麼低狀況下為何能宣稱這麼大的變動呢？
3. 作者使用了幾種方式來重建關係，包含更換外群，或是納入或不納入特定分類群，還有改變特徵的排序。但是這些假說並沒有以統計方式來比較其樹型差異(topological difference)是否顯著？

最後，那個叫Ornithoscelida的分類群並不是新成立的分類群，而是動物學家賀胥黎早在1870年就建立的類群。這也就是說，Nature這篇論文的作者只是「恢復」使用Ornithoscelida，絕對沒有新創。這個類群的中文翻譯應該是什麼呢？ornitho是鳥，scelida是來自希臘文的skelis，也就是後腿之意。那我們把這個類群稱為「鳥腿群」可以嗎？ 

學名後的作者年代何時要加括號(parentheses)？

常有人問這樣的問題：「學名後面的作者與年代要不要加括號？」來，我們先看這個案例：

1. Papilio formosanus (Rothschild, 1896)
2. Papilio formosanus (Rothschild) 1896
3. Papilio formosanus Rothschild (1896)
4. Papilio formosanus Rothschild, 1896

大家知道那個是對的嗎？4才是對的。為什麼？此事要分幾個面相來談：(1) 請問你在談論的是那一個生物命名規約？(2) 請問你在談那一個階層的學名？(3) 請問你是在談什麼樣的場合？(4) 為什麼需要使用刮號？(5) 刮號有幾種？

(1) 首先，我們談兩個主要的規約，國際動物命名規約(ICZN)和國際植物命名規約(ICBN)(目前尚包含傳統上被認為是藻類的物種與真菌)。這兩個規約對於作者(authorship)的引用觀點是不一樣的。ICZN認為，不管該物種的分類變革有多少次，種級分類群名的作者引用，只引用原作者。舉例：

A-us b-us 甲, 1925是一個甲在1925年發表的物種。到了1970年時，乙作者認為b-us應該被轉移到C屬成為C-us b-us，其有效學名的書寫是C-us b-us (甲, 1925)。

但ICBN認為，只要該物種有分類的變革，種級分類群名的作者引用，就應該要同時引用原作者，和最後處理這個學名的作者。這就叫雙引用(double citation)。上面那個例子到了ICBN規範下，其有效學名的書寫就變成是C-us b-us (甲, 1925) 乙, 1970。

還有再麻煩一點的。如果該分類群的層級是亞種(或變種)會怎麼辦？假設有一個亞種的學名是這樣的：A-us b-us c-us 丙, 1955。後來乙在1970年時把它轉移到D屬。

就ICZN的觀點來說，有效學名的寫法就是D-us b-us c-us (丙, 1955)。但是就ICBN的立場來說就應當是D-us b-us c-us (丙, 1955) 乙, 1970。

還有更麻煩的嗎？有。ICBN強調雙引用，還有每一個分類階層的作者都要被引用，所以呈上例，假設b-us的作者是甲，而且c-us是亞種小名。b-us c-us是被"整個搬進另一個屬"，如果b-us c-us應該屬於D屬，那b-us b-us一定也屬於D屬，所以b-us被搬進D屬也一定要有作者提議，就稱之為丁(1936)好了。也就是說，b-us被搬入D屬後，學名變成D-us b-us (甲, 1925) 丁, 1936。

A-us b-us c-us若是在丁(1936)之後才被乙(1970)搬進D屬，那學名應該寫成：

D-us b-us (甲, 1925) 丁, 1936 subsp. c-us (丙, 1955) 乙, 1970

ICBN認為subsp.在某些時刻要被寫出來，但ICZN認為不必。為什麼？因為ICBN需要區分亞種(subsp)與變種(var)的差異。但ICZN根本不承認變種，所以完全不需要註明。

(2) 那我們在談那個階層呢？只有涉及二名(binomen)、三名(trinomen)或四名(quadrinomen)的學名才有作者與年代括號的議題。但只有一個字的學名會涉及加不加括號一事嗎？

就ICZN來說，屬名(含亞屬)、族名、亞科名、科名、總科名、目名、綱名、界名都是單字構成的階元名，所以都沒有作者要不要括號這事。因為單字構成的學名不會有「組合」(combination)的議題，當然就扯不上括號。

但是就ICBN來說，屬級以上分類群的狀況與ICZN同，然而ICBN認為屬下分類群不只有亞屬(subgenus)，還有節(section)與亞節(subsection)。這些屬下的階元是有可能上升(upgrade)或下降(downgrade)，在這個過程中就有可能產生分類作為的變化而需要雙引用前後作者。

(3) 那我們在說那個場合呢？其實只有在非常正式的論文與書籍中才會需要在學名第一次出現時完整引用作者與年代，而且幾乎也只限於系統分類領域的著作才需要這樣引用，在非系統分類領域的作者根本上是不需要在寫作時引用分類群的作者與年代。所以如果你在分類學著作與報告中首次提到無尾白紋鳳蝶，那麼你就應該要完整引用其作者年代，也就是Papilio castor formosanus Rothschild, 1896。但如果你只是在某個環境規畫報告中提到「本區的無尾白紋鳳蝶(Papilio castor formosanus)相當常見」，作者與年代並不需要被寫出來，自然也沒有括號問題。

(4) 為什麼要加括號？前面提到了，只有涉及學名的「組合」才需要加上括號。我再拿前例說明：

A-us b-us 甲, 1925是甲在1925年發表的物種。到了1970年時，乙作者認為b-us應該被轉移到C屬成為C-us b-us，其有效學名的書寫是C-us b-us (甲, 1925)。

因為b-us被其原來所放置的A屬轉移到C屬去，所以產生了新的組合。這時候原作者與年代就要加上括號。

如果是種與亞種之間的重新組合呢？會不會產生括號問題？就好比：

A-us b-us c-us的原作者是甲, 1925。後來c-us被轉移到另一種去重新組合，成為A-us g-us c-us，甲, 1925需要被置入括號嗎？答案是不必。所以我再次強調，作者與年代加上括號只出現在屬與種(與種下階層)之間的組合議題。

此外，如果在A屬或C屬下有人建立了亞屬(subgenus)，那出現亞屬後會觸及組合的議題嗎？其實不會。

就好比b-us 甲, 1925被轉移到C屬以後。有人在C屬下建立F亞屬，而b-us屬於F亞屬的成員，這個時候學名的書寫就變成：C-us (F-us) b-us (甲，1925)。甲, 1925的括號是因為從A轉移到C產生的，和F亞屬的建立是無關的。

(5) 括號只有一種嗎？其實有兩種。圓括號(parentheses)使用場合在顯示種級分類群在屬間的轉移。但是方括號(square bracket)則使用在作者與年代不確定的狀態。

第一個例子：A-us b-us的作者很可能是甲，1760。為什麼不確定？因為早期的出版品有時候並不會明確指出誰是該物種描述的作者，因此當作者是誰只能使用推測的，這時候作者就會被加上方括號，要這樣寫：A-us b-us [甲], 1760。

第二個例子：有很多書籍或期刊的真正完成日，還有真正的出版日不一定是吻合的。這有幾個原因。某些18-19世紀的學者寫一本書寫好幾年，不同部份的完成日期不同，但最後集結成一本書，這就使得一本書內不同篇章的實際完成日期，與整部書的印行日期有差異。另一個狀況就是期刊出版脫刊。原本應該在2016年11月出刊的卷期，到了2017年3月才真正印出來。這也產生兩個日期不一致的狀況。

由於分類學非常在意研究面世的優先權(priority)，而優先權則是保持命名體系穩定的基礎之一，因此在這種情況之下，真正的出刊年代就會寫在前面，而表面上的出刊年代則會擺在方括號之中。例如A-us b-us 甲，原定在1925年發表，但是期刊拖到1926年才印出來。所以就會被寫成A-us b-us 甲，1926[1925]。

萬一這個物種又被轉移到C屬呢？那就應該寫成C-us b-us (甲，1926[1925])。

這樣懂了吧？很麻煩對不對？就是這樣麻煩。

好，回到最上面那題。為什麼4是對的？Papilio formosanus就是1896年Rothschild發表的原組合，所以不需要刮號，而且是在動物命名規約之下的狀況。

可以直接在前言中直言「我有新種描述如下」嗎？

如果你是一個經常閱讀系統分類文獻的人，大概會發現一件事，那也就是早期的系統分類學文章根本沒有實驗科學的論文架構；也就是說，除了前言以外，其他都叫結果。但是你看不到中間那些分析與論證的過程，你根本不知道那個結論是怎麽得來的，因此所有的分類處理(taxonomic treatment)都是老子說了算。

這樣的文章結構從林奈那個年代一直到現在都有，尤其是在impact factor低或甚至沒有的期刊中最多。

描述一個新的分類群是否需要檢驗假說？是否需要做分析？就現代生物科學來說，這是無庸置疑的。但是為什麼很多很多很多的分類文章的前言，幾乎都是千篇一律地告訴你：(1) 某個分類群是誰建立的？(2) 已知多少種？(3) 我在某年某月採到一個新種(直接告訴你是新種)；(4) 描述如下；(5) 還附贈地圖和檢索表，感覺真是買一送一，買千送百，賺到了。

會不會覺得很怪？甚麼分析都沒有，就可以在前言直接告訴你那是一個新分類群？

如果現在是1980年代，或是型態測量學、分子系統分類學和譜系發育學都不發達的年代，看到幾個標本，認為那代表一個新分類群就直接描述寫一寫，問題可能不大。問題是，當譜系發育學(親緣關係學)興起，使生物之間的關係不只是大大們的無端發想，而是可被檢驗的假說之時，我認為我們就不能再讓分類學停頓在久遠的年代，不能讓描述新分類群成為某些高產量作者累積個人的新分類群收藏癖的日常實踐，應該讓它成為可以被檢驗的科學。

所以我們應該在前言就告訴大家我發現了新種嗎？其實不能。只要讀過近十年做得很先進與仔細的系統分類學論文就會發現，多數的作者都會在前言對疑似新分類群的樣本的身分保持中立。在前言的部分，我們可以談為什麼懷疑這些樣本可能不屬於已知的物種？這應該是有原因的，而不只是喃喃自語地說”I think the specimens apparently belong to an undescribed species”。為什麼懷疑？當然就是因為某些特徵不一樣，好比尺寸，好比花色，好比高度，好比表面結構，好比行為，好比出現物候。清清楚楚地說明這些懷疑為什麼重要？因為那可能暗示了生殖隔離，可能暗示了資源分割，可能暗示了其他的生態議題。

除了最好不要在前言直言「我就是有新種要寫」以外，在材料與方法的部分不能只談「做甚麼分析」，而應該要聊聊或暗示自己的「物種觀」。在結果的部分也應該要先談「分析結果」，然後再談「分類處理」。

過往很多傳統分類學者太忽視描述新分類群的意義，只想要把幾個樣本當成新物種就發表掉了。但是當分類學者只在乎自己想說的話，而忽視所有的描述都應該代表科學家對生物性狀的解讀(也就是可以被當成假說)，任何新分類群的描述都豐富了某一群生物的演化歷史與多樣化的過程，還提供更多有待檢驗的現象與假說時，分類學就會離其他生物學領域越來越遠。

因為沒人看得懂，也沒有人在乎。因為分類學者沒有讓自己的研究工作與其他科學產生關連。所以好好地讓系統分類學的論文寫作融入現代科學成分，應該是現在的學生應該要學習的。

發表在小期刊超快的，但是要寫出受到尊崇的經典論文需要很多的觀察、比較與學習。

如何避免在系統分類論文的摘要寫廢話？

身為幾個分類學期刊的編輯，我經常在退人稿件。很多稿件之所以被退除了英文太差，科學品質太差以外，還有太瞎。

以下我要列舉幾個經常被退稿，連審都不審的原因，先談摘要部份好了。

我知道有些年輕學者或學生(包含我自己)在一開始學著寫論文的時候，其寫作文本的參考來源常常不是品質很好的文章。為什麼會參考品質不好的文章呢？因為一開始接觸分類學的時候會把重點擺在＂發表新分類群＂，覺得那是最威的事情。但偏偏有非常多的分類學者是業餘的，或是研究沒有跟上時代，所以他們的論文經常就只能發表在事實上沒什麼審查制度的小刊物。因為快，而且保證被接受，只要有新分類群就好，那個文章寫得好不好也就沒人管了。

以前我也經常參考那樣的文章來寫稿，因為覺得好簡單喔，套個公式就好。後來才知道，真正的好的系統分類學家不會那樣寫。整個就是要打掉重練。

我們先說摘要應該要寫什麼？不就應該是談某個議題的重要性，然後本研究使用什麼樣的材料與方法檢測了什麼現象或假說，然後得到什麼結果。而這個結果顯示了什麼直接的意義和貢獻嗎？

可是很多基礎分類論文的摘要不是這樣的，就是千篇一律地告訴大家：某個分類群在全世界有幾屬幾種，然後我們最近發現一個分布在那裏的新種，本文會提供檢索表，還有照片。沒了耶。不覺得很鳥嗎？什麼生物科學議題都沒有提到，就只告訴大家＂哈哈我抓到新寶了，然後我描述如下，還有照片喔耶＂。

我甚至看過有些作者把＂模式標本儲放在那邊＂擺在摘要中。那是最重要的資訊嗎？顯然不是。

當代的系統分類學的重點不只是在於確認分類群的地位或發現新分類群，或是宣稱自己做了什麼分類處理。在現在這種技術和理論發達，議題多元的時代中，任何一個被新發現或被確認的分類群都代表著在演化上，還有生態學上新的現象或假說的浮現。就好比腔棘魚，如果印尼腔棘魚沒有被發現，那麼只有一種腔棘魚能讓大家去推算屬內物種間的分化年代嗎？不能。如果我們現在仍然認為某種蛙或某種蜥蜴只有一種，那還有可能因此探索種化、親緣地理、棲位分割、形態與功能與棲地間的關聯性？不能啊。所以發現一個新種，或改變一個物種的分類位階，並不只是整理資料的結果，或只是成就個人的發表慾望，而是要對生物科學有一定的貢獻。

但是我就是覺得有太多分類文章只是在寫＂執行報告＂，而不是在寫＂科學論述＂。

我們以動物學的分類期刊來說好了，品質很好的Zoological Journal of the Linnean Society上的文章的摘要長什麼樣子？

這個期刊有非常多＂純分類＂文章，但多數的純分類文章都包含了嚴謹的親緣關係分析。隨便找一篇有new species的文章來讀的時候，大家應該可以發現，摘要中必然會說明的是：該分類群的重要性與現存問題，然後他們想要回應與解決什麼問題，使用了什麼方法，得到什麼結果，促成什麼分類處理，最後這樣的結果呈現了什麼科學價值。

既然好期刊上的文章都這麼寫，那我們就試著寫寫看吧。那怕是一個物種，就算只是發現一個新物種，很多生物學或分子資訊都還沒有，也應該還有形態學上的意義能夠被彰顯吧？

模式標本的標籤需要被拍下來擺在論文裏嗎？

當我年紀小(?)開始寫分類文章的時候，曾經有老師質問我：「你們做鱗翅目分類的人為什麼喜歡把標籤排一排然後拍一張照片？」當時資質愚魯，不太知道怎麼回應，只覺得「其它大大都這樣做我就照做啊~」

但是現在我知道了，所以我又要來說故事。

不同分類群生物標本的標籤有非常非常非常大的差別。植物有植物的規定，真菌有真菌的規定，只能做玻片的生物(例如草履蟲)有自己的規範，脊椎動物有脊椎動物的規定。但是在什麼樣的情況下，標本上的標籤有重要到非要拍出來給大家看不可呢？

標籤需要被圖示在論文上這事在過去有幾個必備條件：

1. 一定要是具有歷史價值的標本：所謂的歷史價值當然是由各領域自行認定。例如林奈、華萊士、還是什麼拉馬克的標本。為什麼這些具有歷史意義的標本的標籤需要被秀出來呢？因為對喜歡考證史料的人來說，標籤的大小、標記方式、筆跡、樣式、排列都可以被拿來當成推斷標本來源、鑑定過程，收藏保存歷程的證據。
2. 一定要有混亂的鑑定歷史：什麼叫混亂的鑑定歷史呢？例如模式標本地位有疑義、同一份標本被不同作者指定為不同物種的模式標本(也就是「異物同模」)、標本本身被變造 (例如是合成標本、偽造標本，或是被不當修補過的標本)，或是標本本身在不同標本館中被轉賣好幾手。
3. 該標本從來沒有被任何文獻圖示過：尤其是高度稀有物種，除了模式標本以外沒人見過，或是文獻上的記載與標籤不盡吻合。

雖然現在許多比較大規模又有錢的博物館會把標本影象數位化，但是絕大多數的標本館(尤其是動物學的部份)並不把標籤另行數位化，所以這對一些需要確認標本地位的研究者來說是非常苦惱的事。舉例來說，過去科技部曾經支持過一些數位典藏計畫，有些單位就乖該地把標籤分開數位化，而且通通擺到網路上。這使得其它科學家與大眾可以檢驗這些館藏鑑定的正確性，尤其是模式標本的真偽。果不其然，某單位的「模式標本」就被發現不是模式標本，其判斷依據就是標籤不吻合研究者對於該作者的筆跡與標籤型式的認知；而有些「一般典藏標本」卻被國外的研究者發現是失落很久的「模式標本」，而且還是來自中美洲。這也就是說標籤資訊本身不是沒有意義的東西。

然而標籤資訊是否應該被納入論文中討論，與標籤本身的影像是否應該被納入圖版排列是兩回事。如我上面所說，只有在吻合這三個要項之下，標籤影象才真的有必要被納入論文中，否則就應該在精簡圖版的原則下，不要納入那些沒有疑義，不太有人懷疑的資訊。

《植物比你想的更聰明》一書中「草履蟲與裸藻誰更高等？」一文的荒謬

商周最近出版了一本名為《植物比你想的更聰明》的書，原作者是佛羅倫斯大學的Stefano Mancuso以及一位科普記者Alessandra Viola。Mancuso本身其實是植物生理學家，而且所研究的領域策重農藝應用。Mancuso本人也是多篇有關植物訊息傳遞與電生理學著作的作者，因此他在這個領域，也就是"植物神經生理學"(雖然很多人不同意這個看起來超炫的詞彙)，的確是位專家。

這本書的原文是Verde brillante. Sensibilità e intelligenza del mondo vegetale，意思是「多采多姿的植物世界所展現的智慧與敏銳」 (雖然許多學者，例如Alpi et al. (2007)根本不同意植物有同等於動物神經元的結構，也不同意植物細胞之間的訊息傳遞就可稱之為智慧)。此書的原意其實只是想要提示大家，植物細胞、組織與個體間的訊息傳遞是非常活躍且複雜的，而這些活動並不如大家過去所以為的那麼靜態與緩慢。但是Mancuso畢竟不是演化生物學家，所以他的著作只要涉及演化，看起來就寫得亂七八糟，甚至會誤導大眾。這真的只是不同學門的學者之間的文人相輕嗎？不是。我想就其中一個章節的問題來談談我的看法。

8/12日的時後PanSci轉載了其中一個章節的內文(08/13已移除)，PanSci所下的標題是「草履蟲與裸藻誰更高等？」我一看到這個標題就非常惱怒，因為「誰比較高等」這個問句本身不只是政治不正確，在科學上根本也站不住腳。此外，原來的譯文是「裸藻對上草履蟲，是否旗鼓相當？」(英文的原文是Euglena versus Paramecium: An Even Match?)，我不太知道PanSci沒事幹嘛下這個令人惱怒的標題？因為這整篇文章令人惱火的點實在是太多了，為了讓我的學生不要被這樣的科普書所誤導，我認為有必要一句一句地檢視這篇文章的謬誤。

• 何謂高等與低等？高低等之說並非沒有風行過，尤其是那個流行人類至上的年代，認為演化是有方向性的年代，的確會有人把複雜的，主觀看來先進的分類群稱為高等。當我們把人的出現當成一個演化上唯一的極致時，就會形成高低等這樣的概念。在演化學或系統分類學上，的確會出現"higher"或"advanced"這樣的字眼。但是higher通常指的是科級以上的分類階元(taxonomic rank)，所以分類學才有「高階分類群」這個概念。這高階指的是分類階元的高低，和演化出現的順序、特徵的複雜度，或是在演化史上的成功一點關係也沒有。那"advanced"呢？這個用法在演化學上是存在的。然而advanced一詞通常只能拿來描述同一個演化支系(evolutionary lineage)上晚近出現物種相對於早期出現物種的特徵狀態。舉例來說，在鱗翅目昆蟲來說，蝴蝶就屬於"advanced group"，那是因為牠們比較晚出現，自然會具備早期演化類群並不具備的曲管式口器。所以如果要談"advanced or not"沒有不可以，但是被比較的兩者必須要同屬一個演化支系，否則就不會有比較基礎。
• 概念停留在林奈時代：Mancuso把草履蟲稱為「單細胞動物」，然後把裸藻稱為「單細胞植物」真是令人恍若隔世。他的分類學可能根本要重修(或是沒修過)才會寫出這種匪夷所思的東西。我和邵廣昭老師還有洪玲雅曾經寫過一篇回顧生物分界沿革的短文，這個整理並非我們自己的意見，而是一個廣而周知的議題。從以前到現在，只有林奈那個時代主張所有的生物只能分為「動物」(Animalia)與「植物」(Plantae)兩界。1866年以後Haekel就已經把生物分成三界了。那一直到現在生物有幾界呢？根據我先前的說明，早就超過10界了。為什麼會越分越多界？那是因為我們過去對生物之間的演化關係所知有限，過去能夠使用的證據也很有限。現在已經是後基因體時代，演化理論與運算能力都比以前更好，所以當我們有了很好的分子演化工具與運算能力，就可以把更多的生物類群帶進來分析，這也會使我們發現過往的分類體系不夠用、不合用，需要改良與擴增。這也就是為什麼台灣過去生物課本所教的那一套早早就就被推翻了。但是很不幸的是我們台灣的教育界還停留在1966年Whittaker的「五界體系」，甚至連「三域說」都沒提到，這也就是為什麼高中與大學教育根本搭不起來的原因之一。
• 那草履蟲和裸藻應該是什麼？根據近年盛行而且並不太有爭議的假說，草履蟲(Paramecium)屬於囊泡蟲界(Alveolata)纖毛蟲(Ciliiophora)的生物。而裸藻(Euglena)則屬於古蟲界(Excavata)眼蟲門(Euglenozoa)的生物。囊泡蟲界和古蟲界八竿子打不著關係，我真的不知道這有什麼好比的？況且，我們看到的是「現生物種」，現生物種的起源時間，和整個演化支系(例如眼蟲門)的起源年代並不相同，比來比去究竟是在比什麼年代的事呢？
• 接下來我要一句一句的表這篇文章：
  ＂我們都知道，地球上最先出現的單細胞生物是屬於植物的藻類。藻類行光合作用產生氧氣，使包括真核生物（或者說動物細胞）在內的生命得以擴散綿延。＂這句話真是看到鬼。地球上最先出現的單細胞生物是細菌吧？最早能行光合作用的生物也應該是藍綠菌。泛植物(Archaeoplastida)則是到了Picozoa以後才出現，所以這段話根本就是狗屁不通啊。
  
  ＂現今草履蟲和其他原生動物（protozoa）獨立為一類，稱作原生生物（protist）。但是，直到幾年前，不管怎麼看，人類都將草履蟲當成動物。一如「原生動物」一詞所提示，草履蟲是原始型態的動物。＂這段話也是一樣，不知道在寫什麼。Protozoa是一個相對於Metazoa (真正的動物)的辭彙，那是因為過去的學者把所有看起來會動的單細胞生物通通稱為Protozoa，以茲與多細胞的動物有所區別。但是Protist則是完全不一樣的概念。Protist則包含了Protozoa還有一些具有色素的單細胞生物，無論如何，Protozoa和Protist都是不被現代分類學所採用的類群，因為它們都是多系群(polyphyletic group)。
  
  ＂在與草履蟲相對的另一方，屬於綠藻類單細胞微生物的裸藻一樣是造物的奇蹟。裸藻也可劃入原生生物，但無疑具備植物本質。＂這一整段也是看到鬼。裸藻的葉綠體來自二次內共生(secondary symbiosis)，事實上大多數的眼蟲門生物並不具類葉綠體這樣的構造，但只有某些可行光合作用的類群因為和單細胞綠藻發生了內共生演化，才使得它們能夠具備葉綠體。這個年代那有人在講什麼「植物特徵」還是「動物特徵」？因為植物和動物的定義早早就被動搖了啊。但是我們的課本很少更改，教師手冊很少更新，更別說還有這種亂七八糟的科普書來亂。
  
  ＂顯然，草履蟲與裸藻都能繁衍。若是觀察兩者在水中的舉動，似乎看不出太大不同。但，且慢，草履蟲的身體有電信號來回穿梭，將訊息傳至單細胞各處。是故，學者稱草履蟲為「游泳中的電子」，而以此稱號來定義草履蟲似乎十分恰當。不過，同種電脈衝也流遍裸藻的單細胞身體。所以，雙方又是不分勝負。＂我真的不知道這段是在比什麼東西。每一種生物之所以會具備某一些特徵，都是演化歷程中經過天擇所留下來的。然而每一種生物的演化歷程中所受到的選汰壓力不一樣，所以我們並不會知道草履蟲的纖毛和裸藻的鞭毛何者「比較好」。特徵沒有好不好，只有適不適應當代環境的問題。只要能適應，能取得優勢就是好。難道人類這樣的動物在完全無光的環境中能夠有生存優勢嗎？
  
  ＂本章開頭談到的演化阻礙。五億年前，植物與動物開始分化，原初生物選擇了分歧的路徑。總而言之，植物選擇安居的生活風格，而動物選擇流浪。＂看到這段快吐了。動物界的姐妹群是領鞭毛蟲，和泛植物一點關係也沒有。還有，六億三千萬年前的艾迪卡拉紀就已經有多細胞，而且還可能是兩側對稱動物出現了，那個什麼五億年前植物與動物分化根本就是鬼扯。更不要說什麼植物選擇安居，動物選擇流浪，現在是在演瓊瑤嗎？
  
  ＂植物必須自土壤、空氣、太陽獲取一切維生所需。人們因此將之定義為「自營性」。也就是說，自給自足，不仰賴別的生物求存。動物則需以他種動物或植物為食，因而開展出多樣運動機能，諸如奔跑、飛翔、游泳。有鑑於動物不能自給自足，人們便將之定義為「異營性」。＂這段也是在鬼扯。此事首先要先問碳源來自那裏，再問能量是否來自光？還是來自無機氧化作用？這樣就會得到五種組合，也就是光合自營、化學自營、光學異營、化學異營，與有機營養生物。這已經是生態學常識，結果被此人簡化成兩種。
  
  ＂歷經一代又一代，最初的選擇導致動植物其他的根本差異，以至於人類如今可以將兩者看成是生態系的陰與陽、黑與白。植物不動，動物能動；動物進取，植物消極；動物迅疾，植物徐緩。這樣的二元對立，我們能想出好幾十個，但總歸一句話：五億年來，植物界和動物界的生命演化大有區別。＂我好想說黯陰羊喔，還陰與陽。這段話根本不是科學，是玄學啊～垃圾啊垃圾。

這個案例也告訴我們，並非只要是教授寫書或是知名出版社出版的書，就是萬無一失的。沒有一本書會萬無一失，人也很難一直追趕最新的知識，但是能後落後這麼多，近乎退回到林奈時代的東西還真的是不簡單。

標本的採集者就應該是必然的論文作者嗎？

經常讀分類文獻或是曾經長期進行分類研究工作的大大們一定知道，在分類學研究中經常出現兩個狀況：(1) 新分類群的作者和論文作者不一致，還有 (2) 只因為是標本採集者，所以就順理成章成為共同作者。若沒有把他當成共同作者，就會引發一堆有的沒有的風風雨雨，把什麼學術道德啦，倫理啦，良心啦，通通翻出來講。這究竟是怎麼回事？

我先談第一個狀況。

為什麼會有新分類群作者和論文作者不一致的狀況？我再白話一點說，你在一篇由A、B、與C當共同作者的文章中看到一個新分類群，但是該新分類群的作者卻只有A & B。為什麼會這樣？這樣的狀況在分類學不是不常見喔，特別是作者之間競爭激烈，然後有時候為了湊成一篇文章，或是勉強合作的情況下就會出現這種問題。就命名規約來說並沒有不可以，因為物種的描述其實獨立於整篇文章，所以新分類作為的作者本來就可以不同於文章的作者(但不能不是文章作者)，只是在引用的時候會非常麻煩。

好比我提到一個物種叫A-us b-us，其作者是C & D，發表年代是2016。學名會被書寫為A-us b-us C & D, 2016，那麼當你只看到這個學名時，一定會以為那篇文章的作者只有C & D，天知道該文章的作者是C、D與E。這樣就會造成學名後作者和引用文獻之間的不一致。

這類狀況之所以會產生就是因為有些傳統分類學者對於authorship和credit高度在意，不願分享，但是又不情不願地合作才會變成這個樣子。

我再談第二個狀況，也就是採集者是否必然是作者的問題。

任何受過科學訓練的人都應該理解到，能夠卦在論文上的作者，應該要有科學貢獻。所謂的科學貢獻包含提出點子、材料收集、執行、討論、與論文撰寫。在近代期刊上多半都會要求作者聲明每一個共同作者的貢獻，而我們也通常認為對文字量貢獻最大的，還有張羅論文所有事務的人，應該成為第一與聯絡作者。

但是採集者呢？等同於材料收集嗎？其實不一定。如果一個人只是採到一份標本，交給一位學者，而該學者鑑識出那是一個新分類群，那這個採集者的功勞就只是採到，科學貢獻並沒有那麼大。我不認為他必然能夠順理成章地成為共同作者，頂多出現在致謝中。但是如果採集者本身提供許多科學資訊、協助分析，或參與文字的撰寫，那其功勞當然就是大大地加分。

當然我們知道很多人之所以成為論文的共同作者只是因為裙帶關係、攀親帶故、利益交換、學術政治因素，或只是為了擺平對方，而這樣的問題會出現在所有的領域，不會只有分類學啊。

但是請記得，採到標本是很幸運的事，但是除非自己有實質的科學貢獻，否則只是因為自己採集到就要求對方讓自己當共同作者其實是有違學術道德的。然而如果論文作者對於採集者的貢獻隻字不提，或甚至刻意隱藏與貶低採集者的貢獻，同樣也違反學術道德。

分類文章要寫到什麼程度才叫好棒棒？

分類學研究與論文撰寫經常被批評不是科學，頂多是「記述與描寫之術」的原因很多，除了大多數的分類處理缺乏中心思想(例如物種觀)的指引，也缺乏現代科學的支持(例如基因交流、性狀演化、時空分布格局)之外，文章寫得不好也是主因之一。

一個好的系統分類研究至少應該要做到以下幾點才算是好研究：

1. 完全掌握過往文獻的觀點與詮釋：我們看過太多照抄別人synonymy文獻的爛研究，對人事時地物數並不詳加考證；此外，引用的文獻不能只有分類文獻，還需要有生態、演化，甚至是該分類群涉及議題(例如農業、林業、公衛、生技)的文獻；
2. 檢查足量的分類群與標本量：一隻標本並非不能被拿來發表新種，但是在大多數的狀況下，不足的分類群取樣和標本數量都不足以支持任何演化與遺傳的推論，如果沒有看到標本也不應該有任何臆測；
3. 熟悉命名規約與命名：懂命名規約，而且在進行任何複雜分類處理時都能引用正確的條款；命名時也沒有文法錯誤，也不違背任何學術倫理；
4. 能夠有條有理地陳述一個分類群的分類研究歷史：這是非常重要的，但是我認為有些作者不知道如何陳述歷史事件，所以整段文字看起來就像是無邊無際的廢話，重點是你看不到科學議題的進程，只看到某些人在何處採到甚麼標本或發表甚麼新種。最糟糕的是當成遊記在寫 (以為現在還是達爾文的年代嗎？)
5. 新分類群與新分類作為是需要被檢驗後才能成立的：有太多太多的分類學者喜歡在前言的部份直接告訴你「我發現新種了，然後描述如下」，然後材料與方法頂多告訴大家他去那裏看標本，但從頭到尾沒告訴你他是如何判斷手上的材料應該被置於一個新分類群(或新分類處理)。正確的科學的寫法應該要在前言提出問題(有點像是假裝不知道)，然後經過研究方法的檢驗以後再在結果中設置一個分類處理(taxonomic account)的段落。
6. 研究方法一定要紮實：太多的分類研究只談什麼檢查標本、去多少國家採集、怎麼解剖和做標本，然後就沒有了。就算不做序列分析，就算只做形態分析，都需要特徵分析，需要外群比較，需要一些特徵同源性論證的方法，更別說是形態測量學的特徵選取，與統計分析策略了。但是多數的分類文章就是沒有，所以就容易被批評是一堆主觀的垃圾。
7. 要有演化與生態概念但又不能亂寫：就算這個研究的目的是重整分類處理，也一定要記得所有的特徵都會牽涉演化與生態的意義，而不只是拿來作為物種鑑識的依據。如果A物種有某特徵，B物種沒有，那我們究竟要說該特徵是在A物種生成時新產生的？還是在B物種退化？我看到太多分類文章很隨意地把一個特徵的有無(present/absent)直接解讀成發達(developed)與退化(reduced)，這真的就很不智。所以Systematic Entomology的前任主編Frank Krell就曾經在Taxacom上說過：在分類文章中所有的特徵描述都不應該只是作者的主觀陳述，而代表了作者對這些特徵的演化起源的觀點，甚至可以形成一種假說。如果有這樣的使命感與認知，就不應該只是照著某個分類群的行規來寫文章。
8. 一定要有討論：如果仔細看看大多數的分類文章，都是把分類群的描述寫完以後，就直接在那邊thank you來thank you去。這不對啊~ 如果是科學研究，怎麼會沒有值得討論的地方呢？我發現每次我收到這樣的稿子，退回請作者寫討論這個段落再重新投稿時，有99%的作者根本寫不出來。有些作者會開始就分布地點大發「生物地理」的謬論，但是這樣的討論不寫也罷，只好退稿了。
9. 要使用正確與達意的英文：有為數不少的分類學者是非英語系國家的人，然後他們習慣把文章發表在自己國家的學會、大學或博物館內的小期刊。這些期刊本身常常沒有什麼審稿機制，發表快速，所以很容易讓年輕人很快地累積一些小文章來成就一些名聲。但是這些期刊(為數不少)都有一個很大的問題，就是審查者與審查機制無法幫你改英文，也不會叫你改英文。很多文章的英文問題常常不在文法，而是在用字與行文邏輯。有些分類學者因為看到過往的文章都是簡簡單單寫個描述，再加一段採集的遊記就投稿了，所以有樣學樣，隨便寫寫就投稿。殊不知嚴謹的系統分類學寫作極度重視用字的精準度。例如lanceolate在植物學被譯為「披針狀」，但是這個詞就是不會使用在昆蟲上，就是一個植物學名詞。同樣是邊緣有齒，但是dentata和serrate就硬是不一樣。至於類似「A位於B左前上方，AB之間的距離為BC距離之兩倍」這樣的陳述應該怎麼寫才是對的？我還看過有些人連spherical、circular和rounded都分不出來。有些人是有樣學樣，但不太確定自己寫的是對的，如果審查者沒有找出來，就可能因此將錯就錯。
10. 要有夠好的圖表：相信很多做過分類研究的人會發現，當你好不容易找到一篇文獻，卻發現沒有圖，或是那個圖糟糕到不行是很令人生氣的事。在分類文章中最可怕的狀況有幾個：(1) 物種的標本很爛，而且是因為研究者技術不好所以把標本弄爛；(2) 形態結構的解剖、染色、封片、包埋都很爛，破壞了重要了特徵；(3) 標本的影象很爛，不知道在拍什麼鬼東西；(4) 標本圖片與影象的標示很爛，應該要標的不標，連比例尺都有問題；(5) 地圖的標示不明或不妥，明明只有兩個採集點，為什麼可以把整個地區都填滿變成「廣泛分布」的樣子？(6) 應該做成圖表的卻用文字書寫，例如很多複雜的分類歷史是可以使用表來呈現的；(7) 多餘而且沒有意義的圖片，例如跑去泰國採集，卻放上原住民少女的照片是怎樣？還有，有很多「棲地環境」的照片看起來根本無法顯示棲地的特徵，硬是擺一棵樹就只是在那邊佔空間。

有人可能會說，我就只有一個新種要寫啊，沒有以上這麼多元素，這就是問題所在。其實真正好的系統分類研究應該是一整個類群的回顧與檢討(revision)，而不是打帶跑，尋求快速累積文章數量與獲得新種命名優先權的短文。如果大家看幾個排名比較前面的動物學、植物學、魚類學、鳥類學、兩爬學、微生物學期刊就會發現，真正被經常引用的文章只有兩種，要嘛就是特別糟糕，大家都要引用一下罵一下，要不然就是好的重要的。而那些重要的文章通常也具備以上的特質，不會只是寫個兩頁就結束的短報。

同學，你適合做系統分類研究嗎？

我一向認為，進入每一個領域與每一個類型的研究所需要的特質是不盡相同的。在生物多樣性、生態、演化與系統分類這個超大的領域中下轄了許許多多不一樣的學門，如果想要進入這些學門又各自需要甚麼樣的人格特質、知識背景與技術技能呢？我想先說說我對系統分類學這個領域的觀察。

相對於許多生物科學的學門來說，系統分類學的發展相對來說是很早的。雖然大家都說分類學之父似乎是Carl Linnaeus，但是早在林奈之前就已經有相當多的學者試圖以自己的觀點對自然萬物進行分類。這也就是說，如果你想要進入這個領域，你需要具備追溯在時間軸上非常長遠的文獻的能力，動輒就是一兩百年。然而因為現代演化科學與分子生物學的發展，這個年代想要進行任何系統分類研究，都不可能不仰賴分子工具，所以，你也不能錯過任何現代科學知識與技術的進步，假裝自己可以窩在標本館裏剪剪標籤、建建檔、拍拍照，把自己當成大自然的愛好者就算了。

有些學生很喜歡採集，而且對特定的分類群非常著迷，很會拍照，很會爬山，但是這表示他應該或可以進入分類學領域嗎？也未必。為什麼？我想說說如果想要成為一個優良的分類學者，你應該要具備甚麼樣的特質。

1. 你需要有良好的語言能力：這邊所說的語言能力，至少是讀與寫。分類學與其他生物科學領域不同，並不是英語獨大的世界。因為這個學門起源很早，各分類群的樣本收集又與過往各殖民帝國的發展有關，所以任何曾經是世界強權的語言，都會在分類學文獻中扮演重要的角色。以台灣來說，如果你想要研究台灣的物種，你好歹需要看的懂英語、日語、德語、和一點法語，這是因為我們本身被日本殖民過50年，而早期的科學語言是德語，鄰近地區如中南半島又曾被法國殖民的關係。就算沒有學過，也要有那個毅力與耐性去學，或把意思查出來。此外，分類學者需要非常精確的描述能力，所以分類學者知道與使用的詞彙通常都不是日常生活中會使用到的，多半也不會是你在學校課程中會聽過的。同一個單字在不同的分類群中有不同的解釋，就算去找醫學辭典，除非是研究脊椎動物，通常無法帶給你太多的解讀，所以除了不同語言之外，你非常需要知道拉丁文和希臘文知識，這可以幫助你對辭彙的學習。此外，生物命名也需要拉丁文與希臘文知識，所以只懂的英文是不足的。
2. 你需要追趕超過一百年的文獻：大多數的主要的高階的分類群早在林奈時期或是達爾文之前的時期都已經被建立了，所以大家可以想見如果你想要深入了解一個分類群的研究歷史，你不可能只看近三年SCI文獻，不可能的事。如果你覺得這很麻煩，覺得去找那些19世紀的東西很麻煩，也沒有耐性看完，那絕對不要碰分類學。因為對分類學來說，考證的工作是非常重要的，任何怕麻煩或習慣偷懶的人若亂發表論文，就會是一種災難。
3. 你喜歡整理東西、整理思緒、保持桌面清潔：如果不喜歡整理東西的人其實就不太有興趣把分類體系整理好。有些學生很愛採集，很喜歡收集樣本，但只是一種收集的癖好，他並沒有打算保持紀錄的習慣，沒有打算建立甚麼，增進甚麼科學知識，但只想要滿足自己那種"採到"的感覺。我們把這樣的人稱之為"集郵"(stamp collecting)。所謂的整理能力還應該要展現在整理樣本上。有些人很愛採集，但是不整理，所以冰箱中永遠是亂七八糟的，沒有編號的，沒有標示的，沒有系統性的東西。
4. 你需要有廣泛的興趣，不能只喜歡你有興趣的分類群：有些人拿到一本期刊的時候，馬上進入眼簾的不是論文標題中的議題，例如"hybridization"，而是分類群的學名。只要沒有他有興趣的分類群學名，他就不看不讀。這是非常危險的。分類學之所以是一個綜合性的科學，就是因為我們不但要釐清一個分類群的地位與建立體系，更需要從其他分類群的研究案例中獲得啟發與靈感。如果只看自己有興趣的分類群文章，就很容易變成井底之蛙，或見樹不見林。
5. 分類、演化、生態是分不開的：我以前常常問學生，多描述一個新物種代表甚麼意思？是可以把自己的姓擺在學名後面，趕到很威嗎？還是可以上報表示保育有成？這是大航海時代嗎？發現一個新物種是一個個人的業績嗎？其實不是。發現與確認任何一個未被科學家描述過的新分類群都代表著你確認一個演化支系的存在，而這個演化支系若帶有任何其他類群所沒有的特徵，也就是獨有衍徵，就表示那個類群在起源與繼續演化的過程中，一定遇到了甚麼樣的環境與演化契機。我們必須要了解如何詮釋一個特徵的演化與生態意義遠大於使用零碎的辭彙來描述其"存在"，好的分類學研究會讓這些描述具備生態與演化意義，而不是分類學者的喃喃自語。
6. 統計很重要：我知道有些人討厭數學，但是，數學是量化的基礎，而量化則是讓科學得以被重複檢驗的根本。型態測量學(morphometrics)是很重要的啊。如果缺乏型態測量的知識，又沒有統計的常識，那隨便亂做PCA都是沒有意義的，也不知道怎麼解釋。若你會使用到族群遺傳和親緣關係重建，統計也一樣重要，因為都會涉及假說的檢測。所以統計不好就很不OK。
7. 你需要願意學習新技術：我知道很多喜歡跑野外的學生對分子生物學就是害怕，甚至連很基本的型態學研究(各種染色、切片、電顯)都很排斥。我坦白說就是不行。有些學生也太輕忽科技的發展，所以總以為只要把DNA抽出來，叫定序公司來收走，然後東拼西湊弄成一顆樹，就可以了，覺得自己已經盡力了。Sorry不行。如果你要讓分類學看起來是一個科學，那麼你就應該要知道分類只是一個處理，但是處理的背後要基於許多假說的檢測，而可以涉及分類處理的假說很多，可能是演化假說、可能是遺傳假說，也可能是生態假說，或是發育學的假說。如果你傻傻使用有限的樣本，再加上不太完整的COI片段做出一棵樹，卻發現你自以為的good species不是一個單系群？怎麼辦？如何解釋？如果你懷疑你採到的樣本是雜交個體，如何證實？用聞的嗎？還是使用很古老的方法把可疑的親本拿來雜交就罷了？如果你認為某些型態變化是環境造成的在地適應，你又要如何證實這個推測？
8. 你需要很好的國際合作關係與潛力：任何好的分類學者都不會只根據在地的材料，就以為自己做了很好的研究。我們會需要很多區域性與國際性的交流與合作，而這個交流與合作包含樣本與遺傳物質資訊的交換，對方機構的允許訪問。如果沒有一定的學術程度與潛力，或是一定的謹慎小心，這樣的國際合作都不會成功。因為你弄壞一隻借來的標本，基本上就會被這個學界當成不受歡迎的人物。
9. 觀察與紀錄的能力：繪圖、攝影、文字都是很重要的紀錄現象的能力。所謂的繪圖不是指手繪圖，而是使用任何工具來精確詳實記錄生物型態與行為的能力。攝影不用說了，我沒聽過做分類的人不會使用單眼相機的。
10. 你需要很好的樣本收集本領：如果你對某個分類群很有興趣，卻一直採不到，說真的就表示沒有甚麼緣分也不必做下去了。但是你知道嗎？這種事情不真的是靠緣分或運氣，而是靠著觀察與歸納能力。為什麼你知道這種地形地貌、降雨量、氣候、季節、地被植物、落葉量、水深、鹽度、溫度等等狀況可以讓你找到一種生物？這真的只是經驗法則嗎？真的只是運氣好嗎？真的是因為受到高人指點所以順利找到嗎？不是。如果你能夠持續發現更多的樣本，或新的樣本，絕對不可能是靠甚麼傻勁，絕對是需要觀察與歸納，還有嘗試的能力。

然後啊，系統分類不同等於鑑定(identification)、製作名錄、物種普查、或是寫圖鑑。其實這些都是副產物，系統分類學、演化學、遺傳學、形態學、生態學是互相馳援的，所以同學你準備好了嗎？如果每一點是10分，你給自己幾分？

「活化石」是一個嚴謹的科學名詞還是濠洨名詞？

"活化石"(living fossil)是一個常被拿來給珍稀生物貼的標籤。只要宣稱牠是一個"活化石"，頓時就會變高級。但是活化石具有嚴謹的科學定義嗎？或只是一個大眾媒體在誤解生物學研究歷史後的想像？

這個名詞一開始是達爾文在1859年的"物種原始"一書中所提到的。當他在討論鴨嘴獸，和南美星點肺魚的時候，他說：

"... All fresh-water basins, taken together, make a small area compared with that of the sea or of the land; and, consequently, the competition between fresh-water productions will have been less severe than elsewhere; new forms will have been more slowly formed, and old forms more slowly exterminated. And it is in fresh water that we find seven genera of Ganoid fishes, remnants of a once preponderant order: and in fresh water we find some of the most anomalous forms now known in the world, as the Ornithorhynchus and Lepidosiren, which, like fossils, connect to a certain extent orders now widely separated in the natural scale. These anomalous forms may almost be called living fossils; they have endured to the present day, from having inhabited a confined area, and from having thus been exposed to less severe competition."

也就是說，對達爾文來說，所謂的活化石是"把兩個看似無關的A與B分類群的演化關係連起來的生物類群"，後來就被解釋成缺失的環(missing link)。但是"缺失的環"有時候會根據"線性演化"理念被誤讀成A與B的"中間型"。但這似乎不是達爾文的本意。

所以"活化石"有沒有定義？各方的觀點不一，例如：

• 一個分類群在地質時代中綿延很長的一段時間：例如象鼩還有澳洲肺魚。與現生澳洲肺魚一模一樣的化石約有一億年歷史，這讓有些人相信現生澳洲肺魚自一億年前到現在都存在著。(問題是，現生的澳洲肺魚只有一種，根本無從得知該物種是何時形成的)
• 長得像化石物種：如果有一個現生分類群在形態或生理上近似一個化石物種，而且這樣的相似性(也就是形態演化上的停滯)在地質年代中保持很久，就是活化石。以腔棘魚來說，牠們目前生存在海水中，但是中生代的腔棘魚則生存在河口與淡水中，由於腔棘魚具有尿素滯留(urea retention)的生理特徵，因此學者認為腔棘魚的祖先出現在淡水，後期才進入海水。寒武紀的埃謝櫛蟲(Aysheaia)和現生的櫛蠶長得一模一樣，但前者是海產生物，後者則是陸生動物。也就是說，有人認為形態演化停滯不意味著在生理調控上就是一模一樣的。(但是，很多物種都和化石沒兩樣，而且現生物種仍然很多)
• 保留許多祖徵：例如節板蛛(Liphistius)的腹部與頭胸部背方仍有分節骨片，是其它蜘蛛都沒有的，就被認為是一個祖徵。Garrison et al.(2016)的研究也的確指出牠們是現生蜘蛛目中最早演化出來的支系。(但是，保留祖徵的物種非常多，任何一個類群都有基群保留祖徵)
• 孓遺族群：除了以上三個特質之外，如果再加上孓遺地理分布，就算是活化石。例如早期可能有很廣的分布，然後在現在只剩下某些地方存在，肺魚或是鱷蜥所屬的喙頭類都吻合這個想法。(但是，只要有冰河洗刷過，就會讓怕冷的大族群變成小族群，所以這些都算活化石嗎？)
• 物種多樣性低：如果要當活化石，就不能是現生物種還很多的，最好是少少的，剩下幾種才像是一路絕滅剩下它的感覺。(但是你如何判斷多樣性低是因為絕滅者多？還是剛分化出來新支系？)

但，以上建議都是真的嗎？

相信對習慣讀台灣科普文章的讀者來說，活化石一詞似乎代表了兩種涵意，第一是"看起來古老，聽說很古老"，第二是"原本僅知有化石記錄，後來被發現有活生生的現生物種存在"。第一是基於一種謎思，並沒有真正的科學證據。有時候台灣科普書中所宣稱的某種生物的古老，頂多只是看起來厚重、不靈活、符合對史前生物形態的想像，並沒有真正的科學依據。此外，演化學者認為沒有所謂"古老的物種"，只有"古老的演化支系或古老的特徵"。後者其實並不吻合活化石的任何定義，而是"Lazarus taxon" (拉薩路分類群)。為什麼叫Lazarus就請自己去查聖經故事。

但有學者認為只要有一個物種，或一個演化支系，從起源至今沒什麼形態上的變化，就可以稱為活化石。再這種情況之下，腔棘魚或水杉既可被稱為Lazarus taxon也可以被當成living fossil。

被當成活化石的物種需要保有很多的祖徵(plesiomorphy)嗎？有人認為"身為活化石"，就應該要吻合"形態演化停滯"(stasis)的預期，但也有人認為不需要使用這樣的預期來嚴格規範活化石的"資格"。例如有人認為啄牛鳥(oxpecker)是該支系唯一的現生類群，而該科雖然在現生鳥類中和嘲鶇科較為接近，但是卻具有許多後期演化出的衍徵。

早期的演化學分析側重於一個分類群可以存在多久這個議題，但是後來轉向討論新特徵出現的速率，或物種生成的速率。而現今的演化學假說與觀點事實上很少討論形態演化停滯，或是為何性狀演化的速率很慢這類議題。

那"活化石"就應該要有很慢的演化速率嗎？以恐龍蝦(Triops)的研究案例來說，越來越多的研究指出，雖然恐龍蝦這整個支系早在兩億年前就已經出現，而其化石與現生物種的差異並不算非常大，但是所有現生的恐龍蝦都是近期(數十萬年)間演化出來的，即使其身體的體制相對於其它泛甲殼類動物來說是非常保守的，這些物種仍然在分化中。因此研究恐龍蝦演化的Thomas等人就明白說：我完全不想再使用活化石來描述恐龍蝦，因為這可能是非常誤導大眾的。

那腔棘魚呢？有沒有吻合先前對活化石的想像？其實不管是古生物證據或分子證據都不支持。若純粹以古生物學的化石證據來重建腔棘魚類的親緣關係，我們可以發現現生腔棘魚屬(Latimeria)其實出現得很晚，與其姐妹群的形態差異、體形差異也很大。這表示形態演化停滯這事根本就不存在。此外，有人曾經認為，如果分子演化速率比較慢，形態的演化速率也比較慢。但是這樣的觀點事實上是受到過往對腔棘魚必然是活化石的先入為主觀念的影響而產生的偏誤。近年來兩種腔棘魚的全基因體研究都已經完成，Naville et al.的研究顯示許多跳躍子(transposable element)的近期活躍，與其對兩種腔棘魚分化後的效應。也就是說，分子演化並不如想像中的慢或停滯，而且與形態的演化保守性沒有什麼相關性。

從達爾文在1859年提出活化石的想法以後，陸陸續續地有一些早期的學者對活化石的定義發表看法。然而很少有任何看法被現代的遺傳學、分子演化學，甚至是古生物學所佐證。而早年提出活化石各種定義的年代，也是基因體學、親緣關係學，還有種化理論不健全的年代。因此以現在的知識去檢驗舊有的概念，就一定會發生舊有觀點站不住腳的問題。

但不可否認的是，這個地球上仍然有許多生物所屬的演化支系的起源非常早，在我們瞭解地球生物演化的知識創新上扮演重要的角色。我認為活化石一詞其實沒有任何一個無懈可擊的科學定義，但是我認為它可以是一個大眾科普名詞，所代表的是該物種的"故事性"。如果我們認為腔棘魚和恐龍蝦是活化石，只因為其演化支系起源很早，那麼任何一界的生物的基群，都應該被視為活化石 (例如角蘚是所有維管束植物的姐妹群)。如果有一種動物因為形態演化停滯，就被視為活化石，那麼齒蝶魚(Pantodon)也應該被當成活化石，因為奈及利亞與剛果的兩個在形態上一模一樣的族群，分化時間居然可達8840萬年之久。

使用鏡像影像投稿是否涉及偽造？

最近在Zootaxa的編輯討論群組中有編輯提出了一個問題：投稿時可以使用鏡像影像嗎？

他是軟體動物雙殼綱的編輯，當他收到一些稿件使用mirror image來呈現物種的模式標本時，他就有此疑惑，所以想知道其它分類群編輯的看法。當然我們知道許多動物都是兩側對稱生物，但是難道因為是兩側對稱，所以使用mirror image就完全沒有問題嗎？在我看到的回覆意見中，多數的編輯都持反對的意見，理由如下：

• 就算是兩側對稱動物，也可能會有不對稱結構，而不對稱結構在兩側對稱動物中所扮演的生理與生態功能一直是一個重大的議題。例如招潮蟹的螯、昆蟲的不對稱生殖器、魚類的不對稱口裂。也就是說，如果因為偷懶，或是為了自以為的畫面完美，而把一側鏡像到另一側來產生對稱影像，是不應該的；
• 如果是標本本身破損，就應該忠實呈現破損的樣貌，而不應該為了自以為是的完美，而故意製造出鏡像，這樣反而會誤導讀者，更不要說使用鏡像來呈現原本並不完整的模式標本了；
• 在這些狀況下使用鏡像，就涉及操控影像(manipulation of image)，屬於學術道德問題，應該直接退稿。

但是在什麼情況之下可以只呈現一半的影像？有的。如果另一半破損嚴重，或是為了節省文章的排版空間，選擇不呈現另一側是可以被接受的。他只是不呈現不影響資訊的那部份，但沒有偽造原本不存在的部份，因此可以接受。

另外還有一個狀況下可以接受一種類型的鏡像，就是左右兩側影像一模一樣，但是兩側所顯示的影像資訊完全不同。例如左邊顯示翅脈、右邊顯示翅紋，或左邊顯示剛毛、右邊顯示內部結構。

我想要比較兩個物種的XX＜＝＝但比較基礎是什麼呀？

在生態、演化與系統分類領域的研究中，有一種題目一直是歷久不衰的，也就是"X與Y的比較"。我每次看到這種題目我就會問同學："X和Y的比較基礎是甚麼"？但是不少同學都無法回答。我不知道同學是否受到台灣媒體上那些動不動就把名人抓來比一比的影響，而不知道甚麼叫"比較基礎"。

就好比你拿Jolin和周杰倫比身高、收入、緋聞數、專輯數、或寵物是沒有意義的，因為兩個人的性別不同，而性別在某些方面決定了努力的方向與市場訴求。所以有甚麼好比的？

洪秀柱和蔡英文能比嗎？可以，因為兩人都是潛在的總統候選人。但是當她們兩個人不再是總統候選人時，就失去了除了性別以外的共通點，所以就沒甚麼好比的。

在我們這個領域的研究也是一樣，兩個物種相比是要有基礎的，而那個基礎就是在於演化上具有最近或相對接近的共祖(the most recent common ancestor)，或值得注意的趨同(convergence)。如果違反了這個原則而衍生出過度的解讀，可能就會出現偽科學，甚至是科普傳播上的災難。

我舉幾個例子來說：

• 高身鯝魚和苦花是白甲魚屬在台灣唯二物種，前者分布在低海拔河川，後者分布在中海拔溪流。那我能不能比較牠們對水溫的適應與食物資源的利用？可以。這個比較基礎在於牠們是同一屬的，而且各自代表一個白甲魚屬內的支系。但是，比較了台灣的兩個種以後就能因此推測出"兩者的共同祖先到了台灣以後產生與海拔梯度相關的適應與分化嗎?"　不行。因為牠們不具有最近的共祖，所以光是這樣比，不可能了解對溫度的適應究竟來自於亞洲大陸上祖先型質的保留(也就是譜系發育限制phylogenetic constraint)，或是在台灣才產生的溫度棲位轉移。所以呢，牠們可以被比，但其比較結果不能被過度解讀，因為親緣關係不夠近的生物被拿來比，就會沒有充分的理由能解釋差異的來源。如果兩個物種足以代表兩個演化支系，那也是有前提的，也就是＂各支系內部個物種之間的棲位、形態等特質的差異極小＂。如果支系內部物種間的差異極大，那麼各挑一個物種出來，就不具代表性。
• 菊科植物的棲位繁多，可能是草本、木本、藤本，可以是陸生也可以是水生的。如果有人做了一個題目，要比較＂氣孔形態＂，他可能就會去做一堆的電子顯微鏡觀察，然後呢，他一定會＂看到差異＂。但是請問看到差異以後要做何解釋？他能馬上使用這個差異來推測某個環境因子對氣孔分布、尺寸、形態的選汰壓力？應該是不能。那他能不能比？可以，因為多方收集資訊做為未來檢驗現象與假說的基礎仍然是必要的。但是他能不能馬上得到解釋？不行。
• 有袋類和真獸類之間有很多有意思的，因為趨同而產生的平行演化現象。所以我們可以比較鼴鼠和袋鼴鼠、鼯鼠和蜜袋鼯之間的差異嗎？他們很顯然沒有近親的關係啊。嗯，當然可以。因為牠們之間的趨同非常精巧，除了生殖結構上的差異之外，在飛膜的形態上幾乎是雷同的。所以如果要比，是要比什麼？比比看牠們之間究竟有多少雷同與相異之處，並且了解這些雷同之處究竟來自於有袋類與真獸類之間的趨同？還是有袋類與真獸類共同祖先的祖徵？這才是比較的意義。

如果有心，什麼都可以拿來相比，但如果你將試圖詮釋比較所得到的結果，那麼就一定要有一些演化概念。在這個領域中，所謂的＂比較基礎＂就是控制變因，為什麼演化重要？因為正如Dobzenskey所說的：Nothing in biology makes sense except in the light of evolution。

分類處理是為了讓分類體系更合理而非製造更多問題

任何學過正統系統分類學的人都知道，分類處理作為(taxonomic act)不只是對分類群(taxon)切割(divide or split)、合併(combine)、升級(upgrade)、降級(downgrade)、同物異名化(synonymize)或轉移(transfer)。那種為了給一個名字而寫的文章雖然在現在還有，但早就不是系統分類學發展的主流。早在支序學派出現以後，認為所有分類群都要儘可能是一個單系群(monophyletic group)的呼聲一直沒有停過，這也是為什麼許多分類學者一生的職志就是希望以最多的特徵、最綿密的分類群取樣、最合理的分析方法重建類群的系統發育關係，然後根據那個假說來重新安排分類體系，使該分類體系之成為一個合理，可使用，並具備多種生物學意涵的資訊。

但是身為四個期刊的編輯，我經常看到一些作者為了命名而命名，完全背離系統分類學的原則與發展。在擬定任何分類學作為之前，缺乏完整的資訊與合理的分析方法，然後就自故自地提出一些分類觀點。沒有解決原有問題，反而製造更多問題。

舉例來說，假設有一個物種有五個地理族群，而原名亞種的模式標本來自B族群。但是有一個團隊認為E族群極度瀕危，所以若有一個團隊希望E能具備一個獨立的分類學地位以提升其保育位階，這種心情可以理解的。在現代的保育生物學論述中，一個物種的保育優先與位階與好幾個因素有關，其中遺傳上的獨特性、分布上的孤立性都是被考量的因素。但是物種的特有性和分布本來就不是人類可以操控與預期的，所以若以目的論(我非要牠成為一個獨立分類群不可)來進行分類學處理，就是非常不合適的。

我在不少的研究中發現，有些團隊會忽視該物種分布範圍極廣的事實，只根據在地族群進行研究，然後無論在形態或分子特徵的比較上又選擇性地挑選他們能力可及的樣本。所以在根本缺乏演化與系統發育基礎的狀況下，他們若執意把一個地理族群當成獨立的分類群，就可能迫使其它族群(例如此圖中的原名亞種)成為併系群，非但沒有解決分類問題，還製造新的問題。

除了併系群以外，還可能製造什麼問題？

• 是共有衍徵？還是獨有衍徵？C與E被認為有三個特徵不同。但是我們怎麼知道C那三個特徵究竟是C才有？還是ABCD都有？
• ABCDE真的沒有基因交流嗎？其實新種或新亞種的設置，在這個年頭都需要一些遺傳資訊佐證才行。ABCDE就算分布在不同的地點，目前沒有偵測到個體之間的移動舀來，也不表示其中必然沒有複雜的基因交流歷史。而有沒有基因交流，也不盡然可由外型得知。
• 學術聲望問題：任何分類作為都應該要讓資訊使用者感到"問題被解決"，而不是"製造新問題"。若想要涉入分類學研究就一定要具備這種敏感性與責任感。如果有人認為"把E視為獨立分類群"與其它族群無關"，或者"其它地區研究者也可以自己去設立他們想要的亞種"就太天真了。在19世紀，分類學或許是這樣運作的。但是在21世紀，分類學不可以這樣運作，因為那不是科學，而是任性。

如何正確「手繪」演化樹？

演化樹怎麼會有手繪的？有啦。其實達爾文那個有名的"I think"(恁北認為..)就是手繪樹，Ernst Haeckel的生命之樹也是手繪樹。以前為什麼有手繪樹？不是用算的？這當然是因為數學被引入演化學是很晚近的事，更別說Willi Hennig一開始談系統發育的重建所使用的外群都是假設祖先(hypothetical ancestor)，也就是說預設了內群是單系。那個年代的樹也是可以用手畫出來，因為被拿來討論的特徵都已經被撿選過了，被拿來分析的分類群也已經被簡化過了，所以有些樹是可以被＂做＂成學者心目中想要的樣子。

那為什麼在現在這種年代還有手繪樹？因為要表示演化的概念啊。例如在科普傳播(包含生物學或演化學課本)中，總是會需要呈現物種起源、特徵演化、與物種多樣化的過程，所以可能就會使用手繪來表達概念。

就線條的角度來說，tree可以分為rectangular tree和circular tree。有沒有根(root)取決於你有沒有設定那個分類群是外群。cladogram和phylogram的差別在於你要不要藉由branch length來顯示character changes的程度。如果把taxon通通拉齊，那就是cladogram，如果想要顯示每一個branch上面所累積的特徵變化，那就要畫成像左下圖的模樣。

然而我在課本與媒體上經常看到一些畫得不對的樹，這很糟，會造成學生與讀者的困擾。演化樹的畫法有很多種。右上那種圖最常見，最常出現在那裏？談人類和馬演化的橋段。各位如果去翻普通生物學課本，有沒有？常常看到那種怪怪的手繪演化樹。以右上那種樹來說，就犯了好多的錯：(1) 違反二叉式演化(dichotomous evolution)的概念，在很多節點上畫出三四叉的樹(這邊的多叉和unresolved tree是不一樣的)；(2) 把cladogenesis和anagenesis(如右下圖所示)混為一談，你不知道究竟被標在同一個branch上的分類群是同一個物種，還是不同物種？(3) 物種觀混亂，看不出來是evolutionary species concept? 還是phylogenetic species concept? (4) 看不出要畫cladogram還是phylogram。

另外還有一種示意圖，就好比這個人類的演化圖，把一棵大樹擺在後面，把各類人種堆疊在上面，看起來好像顯示了演化概念，但是那個枝葉分布和分枝狀況，和實際上的演化樹搭不起來，那可能就變成一種意向美好但涵意不清的圖示了。

還有一種常被亂畫的樹長這樣，你不知道它究竟把比較進化的類群推向末端(terminal)或是底部(basal)，超混亂的。更別說把ACCTRAN和DELTRAN混在一起了～